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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002122

染色体: Chr06 坐标: 28472091-28472936 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002122
名称SmilChr06G002122
描述uncharacterized SmilChr06G002122
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向28472091 - 28472936 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990723
GeneID130990723
locus_tag-
NCBI NameLOC130990723
原始查询SmilChr06G002122

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990723

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770936.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770936.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770936.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770936.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770936.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:28472098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr6:28472102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B45,B50
Chr6:28472115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C85
Chr6:28472133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr6:28472143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr6:28472162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B21,B25,B69,D2
Chr6:28472165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B110,B33,B6,C4
Chr6:28472196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr6:28472217 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C7
Chr6:28472217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr6:28472220 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 20 B110,B120,B127,B130,B21,B23,B25,B31,B53,B59,B69,B71,B97,C32,C36,C47,C58,C61,C8,D2
Chr6:28472234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770936.1
281 aa
N
1
140
281
PEG10_N-capsid
C
PF03732 PEG10_N-capsid 3-45 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770936.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 3 45 8.7e-09 36.3 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914953.1
ATGTACACTGAGGGCATCAAGTGCCGTATCTTCTCAATTACTCTTACCGGACCAGCTCAGTTATGGTTTGGGACGCTTCCCCCGAATTCTATTTACTCTTTTGAAGACTTACAGACTCGCTTCCTACGACAGTTTGCGAGCTCGCGGAGGGTAGGGAAGTCAGCTCTCTCGCTGATGGACATCAAGCAGGATCAGGGTGAGACATTGCGGGAGTACACAGCGAGGTTTAATCTTGCCGCTCTGGAAGTGCCAGAGGCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990723
ATGTACACTGAGGGCATCAAGTGCCGTATCTTCTCAATTACTCTTACCGGACCAGCTCAGTTATGGTTTGGGACGCTTCCCCCGAATTCTATTTACTCTTTTGAAGACTTACAGACTCGCTTCCTACGACAGTTTGCGAGCTCGCGGAGGGTAGGGAAGTCAGCTCTCTCGCTGATGGACATCAAGCAGGATCAGGGTGAGACATTGCGGGAGTACACAGCGAGGTTTAATCTTGCCGCTCTGGAAGTGCCAGAGGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770936.1
MYTEGIKCRIFSITLTGPAQLWFGTLPPNSIYSFEDLQTRFLRQFASSRRVGKSALSLMDIKQDQGETLREYTARFNLAALEVPEAESQIKNCAYVRGLRPGIFFDELQIQRARDFDDIMARLSGYLQLEDAKMARKVENDKHRVKKADEAPERQRHQDRAPFRGLPPRVLPPQGGMPSHQQRTVNEVTRFTEYTPLNKPQDDIFHLIKDQPFFRAPGTYRNGPPQEGPNNKLCEYHNSFGHYTKYCEHLKHQLELLVRQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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