当前解析结果
SmilChr06G002122| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002122 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002122 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002122 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 28472091 - 28472936 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990723 |
|---|---|
| GeneID | 130990723 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990723 |
| 原始查询 | SmilChr06G002122 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03732 (PEG10_N-capsid) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990723 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770936.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057770936.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057770936.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770936.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770936.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:28472098 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
Chr6:28472102 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B45,B50 |
Chr6:28472115 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,C85 |
Chr6:28472133 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr6:28472143 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C86 |
Chr6:28472162 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B127,B21,B25,B69,D2 |
Chr6:28472165 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B105,B110,B33,B6,C4 |
Chr6:28472196 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B43 |
Chr6:28472217 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C7 |
Chr6:28472217 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C7 |
Chr6:28472220 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 20 | B110,B120,B127,B130,B21,B23,B25,B31,B53,B59,B69,B71,B97,C32,C36,C47,C58,C61,C8,D2 |
Chr6:28472234 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770936.1PF03732
PEG10_N-capsid 3-45 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770936.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 3 | 45 | 8.7e-09 | 36.3 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。