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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002131

染色体: Chr06 坐标: 28695032-28698213 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002131
名称SmilChr06G002131
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27110-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向28695032 - 28698213 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989013
GeneID130989013
locus_tag-
NCBI NameLOC130989013
原始查询SmilChr06G002131

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27110-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27110-like
ArabidopsisAT3G09040 (AT3G09040)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820057]
identity=31.4; qcov=0.899; evalue=1.75e-130; confidence=low
RiceOs04g0514500
-
identity=28.2; qcov=0.994; evalue=1e-121; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989013

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057768993.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057768993.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768993.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768993.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768993.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:28695361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr6:28695481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr6:28695533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:28695557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,D7
Chr6:28695885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr6:28696024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:28696203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B137,B55,C2
Chr6:28696538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr6:28697394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768993.1
956 aa
N
1
478
956
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 80-106 aa PF01535 PPR 178-207 aa PF01535 PPR 254-273 aa PF13041 PPR_2 278-325 aa PF13812 PPR_3 278-325 aa PF01535 PPR 281-307 aa PF01535 PPR 350-372 aa PF01535 PPR 381-409 aa PF13041 PPR_2 478-521 aa PF13812 PPR_3 478-521 aa PF01535 PPR 480-510 aa PF01535 PPR 554-580 aa PF01535 PPR 582-610 aa PF01535 PPR 783-812 aa PF01535 PPR 818-847 aa PF01535 PPR 855-876 aa PF20431 E_motif 894-955 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 80 106 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 178 207 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 254 273 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 278 325 7.6e-80 263.6 PPR repeat family
XP_057768993.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 278 325 8.2e-29 100.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 281 307 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 350 372 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 381 409 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 478 521 7.6e-80 263.6 PPR repeat family
XP_057768993.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 478 521 8.2e-29 100.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 480 510 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 554 580 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 582 610 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 783 812 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 818 847 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 855 876 2e-64 210.2 PPR repeat
XP_057768993.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 894 955 1.6e-10 41.8 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913010.1
AAAGCGGCAAAGAGAGAAACCGTTGAATGTAGCATGGCGAAATCCATTCCTTCCGAATTCTTGCTCTCTCATCTCAATGTTCAACCTCTCACTTCACCAAAATTCACCTTTCGCAGTTCGGTTTCTTTCTCTATTACCATTCTGCCGGAAAAGCCAAGAGTTAAAGGCCTTGAATTCGATACTAATATCACGTGGATTAATCGGGAACGAGTCCTTAGTCGATCACTTCATCAACCACTGCTGCCGTCTGGGTTCTCCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989013
ATGTTCAACCTCTCACTTCACCAAAATTCACCTTTCGCAGTTCGGTTTCTTTCTCTATTACCATTCTGCCGGAAAAGCCAAGAGTTAAAGGCCTTGAATTCGATACTAATATCACGTGGATTAATCGGGAACGAGTCCTTAGTCGATCACTTCATCAACCACTGCTGCCGTCTGGGTTCTCCAGATTTAGCTCTCCCCGCATTTAGAATCGTCCAGAAACCGAGTCTTTACTCGCAGAATTTACTTCTCAGGAGTCTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768993.1
MFNLSLHQNSPFAVRFLSLLPFCRKSQELKALNSILISRGLIGNESLVDHFINHCCRLGSPDLALPAFRIVQKPSLYSQNLLLRSLCDNGLFEDVVSVYKKSRNSGSPSNNYSFPFVIKACAALRDVWFGSMMYCVALKDGFGGNLVVQTALLDFYFKIGEIGNARKVLDEIPQPDLVVWNAMISGYSVNGFDCEALRVFRDMFVAGMKPNSSTLATVLPVCSRVEEVDRRFGVCLHGLVYKLGCIEEESLAPALISMYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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