当前解析结果
SmilChr06G002138| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002138 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002138 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002138 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 28969033 - 28973043 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990727 |
|---|---|
| GeneID | 130990727 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990727 |
| 原始查询 | SmilChr06G002138 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G29090 (AT4G29090)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=25.6; qcov=0.435; evalue=1.07e-46; confidence=low |
| Rice | Os06g0484800- identity=28.7; qcov=0.632; evalue=2.72e-99; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF03372 (Exo_endo_phos); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990727 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770939.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057770939.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057770939.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770939.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770939.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:28969040 |
GCC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A10,A11,B103,B107,B110,B13,B132,B35,B42,B57,B86,C26,C41 |
Chr6:28969064 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B108 |
Chr6:28969064 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr6:28969109 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B90,C87 |
Chr6:28969117 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C5 |
Chr6:28969172 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | B11,B114,B127,B73,C75 |
Chr6:28969172 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B114,B127,B73,C75 |
Chr6:28969248 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 12 | B124,B16,B26,B45,B46,B94,B95,C21,C5,C54,C56,C61 |
Chr6:28969251 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 12 | B124,B16,B26,B45,B46,B94,B95,C21,C5,C54,C56,C61 |
Chr6:28969257 |
AAC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 16 | A20,B124,B16,B45,B46,B86,B94,B95,C21,C41,C5,C51,C54,C56,C61,C87 |
Chr6:28969261 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr6:28969280 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A20,C41,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770939.1PF03372
Exo_endo_phos 5-225 aa
PF00078
RVT_1 506-667 aa
PF13966
zf-RVT 986-1062 aa
PF13456
RVT_3 1176-1284 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770939.1 |
Pfam | PF03372 |
Exo_endo_phos | Domain | 5 | 225 | 1.5e-13 | 51.7 | Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family |
XP_057770939.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 506 | 667 | 8.5e-20 | 72.2 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057770939.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 986 | 1062 | 2.5e-16 | 60.8 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057770939.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 1176 | 1284 | 1.2e-12 | 48.6 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。