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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002145

染色体: Chr06 坐标: 29136024-29143144 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002145
名称SmilChr06G002145
描述probable galacturonosyltransferase 13
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向29136024 - 29143144 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989021
GeneID130989021
locus_tag-
NCBI NameLOC130989021
原始查询SmilChr06G002145

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable galacturonosyltransferase 13
产物probable galacturonosyltransferase 13
ArabidopsisAT3G01040 (GAUT13)
galacturonosyltransferase 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821312]
identity=82.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0578500
-
identity=71.1; qcov=0.948; evalue=0; confidence=high
GOGO:0047262 (polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01501 (Glyco_transf_8); PF18404 (Glyco_transf_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989021

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057769000.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057769000.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769000.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769000.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769000.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:29136788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B131
Chr6:29138002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B9,C87
Chr6:29140537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,C38,C42,C49
Chr6:29142342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B58,C5,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769000.1
540 aa
N
1
270
540
Glyco_transf_8
Glyco_transf_24
C
PF01501 Glyco_transf_8 181-513 aa PF18404 Glyco_transf_24 339-439 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769000.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 181 513 1.1e-76 258.6 Glycosyl transferase family 8
XP_057769000.1 Pfam PF18404 Glyco_transf_24 Domain 339 439 1.8e-06 28.3 Glucosyltransferase 24

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913017.1
GATAACTGAAGATGGTTATACACAACCATCTTACTCACATACTGAAATATTTAATCATTGCCTATTATTTAACAATTTCCATATTTGTATGTATTGTAAGAAGAAAAATGGAATATTAGTATACATACATCGTATGCGATCAGCCAAGCCAAATTAAACACCCACCGATCACTTCTCTCTCTACATTCCCTTCCTCCTCCGCACCGATCTGTACACACAAAATTCAATCATCACCGTCTTCAAGCGGCAAAAAGTTTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989021
ATGCAGCTGCACTTCTCACCTAGCATGAGAAGTATAACGATATCTTCGAGCAGCAGCAGCGGAGGAAATGTCAACGGAGGAGGAGGAGATTTGATGAAGATCAAGGTCGCAGCTCGCCACTGCTCGTACCGCACTCTCTTCCACACCATTCTTATACTTGCATTTTTGTTGCCGTTTGTGTTCATTCTCACGGCTCTCGTCACACTTGAAGGTGTCAACAAGTGTTCCTCATTCGATTGCTTAGGGAGACGGTTGGGACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769000.1
MQLHFSPSMRSITISSSSSSGGNVNGGGGDLMKIKVAARHCSYRTLFHTILILAFLLPFVFILTALVTLEGVNKCSSFDCLGRRLGPKLLGRADDSGRLVKDFVKILNQVNSDKIPDNLKIPDSFSQLVSEMKNNKYSAKEFALIIKGMIESSEREIRVSKFAELMNKHFAASAIPKSIHCLSLRLTDEYASNAYARRQLPTPELLPLLSDNSYHHFVLSTDNILAASVVVTSAVQSSLNPEKIVFHVITDKKTYAGMHS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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