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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002150

染色体: Chr06 坐标: 29226516-29228007 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002150
名称SmilChr06G002150
描述uncharacterized SmilChr06G002150
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向29226516 - 29228007 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990733
GeneID130990733
locus_tag-
NCBI NameLOC130990733
原始查询SmilChr06G002150

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990733

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770944.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057770944.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770944.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770944.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770944.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:29226518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C14
Chr6:29226520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,A23,B59
Chr6:29226534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr6:29226570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B104,B18,C23,C3
Chr6:29226579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,A18,B66
Chr6:29226580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,C5,C74
Chr6:29226593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B31,C66,D8
Chr6:29226594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B90
Chr6:29226597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B81
Chr6:29226601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B90,C55,C65,D8
Chr6:29226603 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B138,B41,B94,C3
Chr6:29226604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914961.1
ATGCGTCGTACCAGGAGTGCAGGTAACGAAGATCTCTTGTACCACGAGGATATTGAAAGACTTGCTCGAGAGAACAACGCTGCTAGGCGCAGGGCAGAACAAGAGGCACAGGCAAGAGAGAGACAGTTAGAAGCAGAGAGAGAGATGGCAGAAAATCCGGAAGGGCAGAATGACAACGCCAACAAAACTCTTCGAGACATGATGTTTCCGAACAATTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGTACTACCGGAGATTACTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990733
ATGCGTCGTACCAGGAGTGCAGGTAACGAAGATCTCTTGTACCACGAGGATATTGAAAGACTTGCTCGAGAGAACAACGCTGCTAGGCGCAGGGCAGAACAAGAGGCACAGGCAAGAGAGAGACAGTTAGAAGCAGAGAGAGAGATGGCAGAAAATCCGGAAGGGCAGAATGACAACGCCAACAAAACTCTTCGAGACATGATGTTTCCGAACAATTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGTACTACCGGAGATTACTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770944.1
MRRTRSAGNEDLLYHEDIERLARENNAARRRAEQEAQARERQLEAEREMAENPEGQNDNANKTLRDMMFPNNLNLRPSAIVLPEITGNWELKHTLIHILPKYSDMPGEDPQRHLQDFEMACGTVRTASQALGEYIRLLTFLFSLLEGAREWLYDLPERSIRTWQELQSKFLEKYFPAARIQNLRTRISNIKMGWAEVLYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFMEGLRRQERQWLHAACGGSILNKSAAEAFKLIAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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