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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002151

染色体: Chr06 坐标: 29228044-29229294 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002151
名称SmilChr06G002151
描述uncharacterized SmilChr06G002151
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向29228044 - 29229294 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990734
GeneID130990734
locus_tag-
NCBI NameLOC130990734
原始查询SmilChr06G002151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=37.7; qcov=0.166; evalue=1.08e-06; confidence=weak
RiceOs12g0292200
-
identity=30.9; qcov=0.226; evalue=1.02e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990734

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770945.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770945.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057770945.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770945.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770945.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:29228062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,C81,C83,C9
Chr6:29228079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr6:29228086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B80
Chr6:29228099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,C49,C54
Chr6:29228116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,C17,C59,C6
Chr6:29228123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr6:29228128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B121,C4
Chr6:29228133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr6:29228136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr6:29228153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,C82
Chr6:29228157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,C20,C44
Chr6:29228169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914962.1
ATGGGATCAGCAGATGAAGAAGAGTTTTCCCGAGAGAAAGAGGAAAAAGGAAAAGCGACAGGAAAGGGAAAAGAGAAATCAAGTCGGACCGAGCCCATACTTCCTTTCCCAGGCAGAGCAGCCAAGGAACAAGAGAAGGAAGAATTAACCGAATTGGTTAAAATCTTCAAGAAGGTAGAGGTCAATATGCCCCTTTTGGTCGCACTACCCTCTATGCCCAGATGTGCAAAATTTCTCAAAGAACTCTGCACTCGGAAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990734
ATGGGATCAGCAGATGAAGAAGAGTTTTCCCGAGAGAAAGAGGAAAAAGGAAAAGCGACAGGAAAGGGAAAAGAGAAATCAAGTCGGACCGAGCCCATACTTCCTTTCCCAGGCAGAGCAGCCAAGGAACAAGAGAAGGAAGAATTAACCGAATTGGTTAAAATCTTCAAGAAGGTAGAGGTCAATATGCCCCTTTTGGTCGCACTACCCTCTATGCCCAGATGTGCAAAATTTCTCAAAGAACTCTGCACTCGGAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770945.1
MGSADEEEFSREKEEKGKATGKGKEKSSRTEPILPFPGRAAKEQEKEELTELVKIFKKVEVNMPLLVALPSMPRCAKFLKELCTRKVKYTDDAKFQVGESVSAVLQRDMPIKCGDPGMFYISCVIGTMKVEKAMLDLGASINVMPLPMYQDLEIGPLKPTRVVIQLADRSNVYPEGILEDVLVKVEELIFPADFYILDMGKSKARDPVMLLGRPFLNTARTRIDCDTGKLTCQFEGETVTFDIYSAIKHPADTEMVRSVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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