Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002182`

染色体: Chr06 坐标: 30136103-30141152 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002182`
名称	SmilChr06G002182
描述	mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	30136103 - 30141152 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989035`
GeneID	`130989035`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989035`
原始查询	`SmilChr06G002182`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5-like
产物	mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5-like
Arabidopsis	`AT5G66850` (MAPKKK5) mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836819] identity=47.4; qcov=0.911; evalue=4.77e-116; confidence=high
Rice	`Os07g0119000` (OsMAPKKK11) - identity=48.7; qcov=0.751; evalue=3.62e-111; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14531 (Kinase-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989035

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057769007.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057769006.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057769007.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769006.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769006.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:30136493`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C28,C39
`Chr6:30136550`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B12,B23,D1,D3
`Chr6:30136600`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr6:30137814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr6:30137908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr6:30140197`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769006.1

638 aa

319

638

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

Kinase-like

PF00069 Pkinase 301-562 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 304-556 aa PF14531 Kinase-like 416-532 aa

XP_057769007.1

530 aa

265

530

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 301-509 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 304-509 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769006.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	301	562	2e-66	224.8	Protein kinase domain
`XP_057769006.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	304	556	3.8e-44	151.7	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057769006.1`	Pfam	`PF14531`	Kinase-like	Family	416	532	1.2e-06	28.7	Kinase-like
`XP_057769007.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	301	509	6.9e-57	193.5	Protein kinase domain
`XP_057769007.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	304	509	3.8e-38	132.0	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913023.1
AGATGTGAGGTCCTTTTAAAACTGGTTGGTTTCTCATCCCCTTTTATGGAGGAACAAAAAATATTCTCCATCCCAAATTGTATACCACATTTCTTGATCGTTGCGATTTCCAGATATCGTTCCCGCCCCGTCCACAGATAGGGCTTTTCTTCCTCCTTTCATACCATGTCTAATTCTCTTCTAAAACAATACATTAATTAACCTTCCCTGCATCCCTCGCTGCAAAGAATGCCTAATTGGTGGCAGGGTGCCTTCACCTC...

XM_057913024.1
AGATGTGAGGTCCTTTTAAAACTGGTTGGTTTCTCATCCCCTTTTATGGAGGAACAAAAAATATTCTCCATCCCAAATTGTATACCACATTTCTTGATCGTTGCGATTTCCAGATATCGTTCCCGCCCCGTCCACAGATAGGGCTTTTCTTCCTCCTTTCATACCATGTCTAATTCTCTTCTAAAACAATACATTAATTAACCTTCCCTGCATCCCTCGCTGCAAAGAATGCCTAATTGGTGGCAGGGTGCCTTCACCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130989035
ATGCCTAATTGGTGGCAGGGTGCCTTCACCTCCATCTCCAAATCGCAATCCCGCGATGACAGTGTCATCCCCTCCACCAACGGGAAACCCGGCTTCTTCTCCTCCCGCCGTCACCGCATCCTCACGCGCGCCAAGAAACTGCTGCAGCCCCTCGACGCCATTGATGTTGGCTCCCCCGAAAAGTTCCGGAACCAGTCCGTACGTCCCGCAGCGCCAGCAGCGGCGTCGCCTCTGCCGCTGCCGCTGCCGGAACTGCATGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057769006.1
MPNWWQGAFTSISKSQSRDDSVIPSTNGKPGFFSSRRHRILTRAKKLLQPLDAIDVGSPEKFRNQSVRPAAPAAASPLPLPLPELHVLLQRDPKLHTSTASTSGSVPLPSPDVIKVHRLCDDKERETAEATNGEAVDGHDVDKRKLVGEGSRRYSEVQQQCKKSPHNKTTSMESYGNNPCTSTSSAPCSPFSSTELSPARNDMWGAYYPTTTAGLFLVWSAPETSEAHHKHATSFDASPLPSPVHPLPLPPSVSMPAFPT...

XP_057769007.1
MPNWWQGAFTSISKSQSRDDSVIPSTNGKPGFFSSRRHRILTRAKKLLQPLDAIDVGSPEKFRNQSVRPAAPAAASPLPLPLPELHVLLQRDPKLHTSTASTSGSVPLPSPDVIKVHRLCDDKERETAEATNGEAVDGHDVDKRKLVGEGSRRYSEVQQQCKKSPHNKTTSMESYGNNPCTSTSSAPCSPFSSTELSPARNDMWGAYYPTTTAGLFLVWSAPETSEAHHKHATSFDASPLPSPVHPLPLPPSVSMPAFPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器