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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002183`

染色体: Chr06 坐标: 30173892-30178304 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002183`
名称	SmilChr06G002183
描述	uncharacterized SmilChr06G002183
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	30173892 - 30178304 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990742`
GeneID	`130990742`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990742`
原始查询	`SmilChr06G002183`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=35.4; qcov=0.084; evalue=2.99e-12; confidence=weak
Rice	`Os04g0191000` - identity=35.5; qcov=0.575; evalue=8.5e-93; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF30901 (PEG10-RTL1_C-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990742

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770955.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057770955.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057770955.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057770955.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057770955.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:30173890`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	43	B105,B113,B118,B121,B130,B131,B134,B135,B137,B15,B28,B30,B37,B41,B51,B52,B53,B60,B68,B69,B72,B78,B87,B90,B92,B98,C11,C13,C30,C35,C38,C41,C42,C50,C63,C64,C7,C78,C81,C87,C9,D10,D5
`Chr6:30173896`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	8	A1,B115,B126,B32,B49,B67,C44,C51
`Chr6:30175288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B20,B39,C38,C39
`Chr6:30175293`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B138,B40,B88,C40
`Chr6:30175315`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,B53,B64
`Chr6:30175316`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	9	B120,B136,B20,B39,B40,C38,C39,C67,C68
`Chr6:30175370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,D7
`Chr6:30175373`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B99,C26
`Chr6:30175435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,C40
`Chr6:30175704`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A3,B109,B138,B45,B46,B54,B88,B91,C15,C51,C54
`Chr6:30175765`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C22
`Chr6:30175765`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770955.1

944 aa

472

944

PEG10_N-capsid

PEG10-RTL1_C-capsid

zf-CCHC

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

PF03732 PEG10_N-capsid 84-166 aa PF30901 PEG10-RTL1_C-capsid 176-249 aa PF00098 zf-CCHC 314-331 aa PF00078 RVT_1 616-775 aa PF17919 RT_RNaseH_2 814-881 aa PF17917 RT_RNaseH 815-896 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770955.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	84	166	2e-19	70.4	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057770955.1`	Pfam	`PF30901`	PEG10-RTL1_C-capsid	Domain	176	249	3.5e-07	30.8	PEG10/RTL1, C-terminal capsid-like domain
`XP_057770955.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	314	331	1.8e-05	25.3	Zinc knuckle
`XP_057770955.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	616	775	8.1e-43	147.4	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057770955.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	814	881	6.3e-21	75.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057770955.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	815	896	1.1e-28	100.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914972.1
ATGGAAAACACAAATCCTATTGAATTTACATTGCAAGCCATGCAACAACAATTTGCAAGGTTTGGAGCTGTTATGGAAAATGTAACAGAACGATTAGAGAGGCTGGAATTTCAAGCACCACCAAGGAATGAGGAGGAAAGAGAGAGCGATGGAGAAGATGATCGTACATCAACACATCGAAATGAAAGGCGAGGAGGAGGTAGAAGAAGAAGACATCAAAATGAAGTTGATGGTGACTTGGGAAGCATCAAATTGAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990742
ATGGAAAACACAAATCCTATTGAATTTACATTGCAAGCCATGCAACAACAATTTGCAAGGTTTGGAGCTGTTATGGAAAATGTAACAGAACGATTAGAGAGGCTGGAATTTCAAGCACCACCAAGGAATGAGGAGGAAAGAGAGAGCGATGGAGAAGATGATCGTACATCAACACATCGAAATGAAAGGCGAGGAGGAGGTAGAAGAAGAAGACATCAAAATGAAGTTGATGGTGACTTGGGAAGCATCAAATTGAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770955.1
MENTNPIEFTLQAMQQQFARFGAVMENVTERLERLEFQAPPRNEEERESDGEDDRTSTHRNERRGGGRRRRHQNEVDGDLGSIKLKIPTFQGRSDPEAYLEWERKVELIFECHNYSEEKKVRLAAIEFTDYAIVWWDQLTTNRRRYRERPISTWEEMKSIMRKRFVPSHYFCELYQKLQSMNQGTKSVDEYYKEMEIAMIRANVDEDREATMARFLCGLNKEIANIVDLQHYVELEDMVHMAMKVERQLKKKGTFQRNFP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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