Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002189`

染色体: Chr06 坐标: 30263980-30269284 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002189`
名称	SmilChr06G002189
描述	upstream activation factor subunit spp27-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	30263980 - 30269284 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989040`
GeneID	`130989040`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989040`
原始查询	`SmilChr06G002189`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	upstream activation factor subunit spp27-like
产物	upstream activation factor subunit spp27-like
Arabidopsis	`AT3G19080` (AT3G19080) SWIB complex BAF60b domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821442] identity=61.6; qcov=0.653; evalue=4.81e-85; confidence=high
Rice	`Os03g0764450` - identity=61.9; qcov=0.675; evalue=6.1e-89; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF02201 (SWIB); PF08766 (DEK_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989040

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057769016.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769016.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769016.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769016.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057769016.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:30264623`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr6:30265039`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr6:30265041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769016.1

323 aa

162

323

DEK_C

SWIB

PF08766 DEK_C 3-53 aa PF02201 SWIB 122-194 aa PF02201 SWIB 245-318 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769016.1`	Pfam	`PF08766`	DEK_C	Domain	3	53	9.4e-16	58.2	DEK C terminal domain
`XP_057769016.1`	Pfam	`PF02201`	SWIB	Domain	122	194	6.5e-60	199.5	SWIB/MDM2 domain
`XP_057769016.1`	Pfam	`PF02201`	SWIB	Domain	245	318	6.5e-60	199.5	SWIB/MDM2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913033.1
TCTTCAAAAGAAAAGAAAAAAAAAACATAATTTCTTCTCAACTATCTGATCACAGTAATTGACAACTATCAAATGCAGATGATAATAATACAAACAACAAAATTCCAAAGTAGAATTTCTTACACTAGTAAGGGAGCTTGAAGCCGCAAGGTTGCAGCCGCCGGAGCAGGGTCAAACGATACGGTGGCGGAATTCGACATTAATTTGGGGTATGTTTCCGATGTTGATTAATACTAGCGGGGGAAGCGAGTGAAGCTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989040
ATGATATCGGATTCAGAGCTGATCGAGCGGCTGCGCGATGTCCTCAGCGTCTCGGACCTCAACACCACCACCACCGCCATCCTCCGCCGCCGCCTCGAGGAGGATTTGGGCATCGATTTGTCGGATAGGAAGGCTTTTATCAGAGAGCAGGTGGATATATACATGCAAAGCCAATTCGAAAATGAAGATGCAAATGAAGACGGAATTGACGATGAAGTAGCGCCGGAAGCGGCCGAGGAGGAGGATGAGGAAGAGGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769016.1
MISDSELIERLRDVLSVSDLNTTTTAILRRRLEEDLGIDLSDRKAFIREQVDIYMQSQFENEDANEDGIDDEVAPEAAEEEDEEEEEIEESSNSCTVKKVAKKRSRTKDKEEVKKRGGGFTKLCSLSPELQKFTGVPELARTEVVKQLWAHIRENNLQDPSNRRNIICDDTLHKLFGVDTIDMFQMNKSLTKHIWPLDSDGASVAASVDSAPKVKQKKQEKNEDEDEPKRKGKRPRGGNSAFLAPIKLSDALVKFLGTGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器