当前解析结果
SmilChr06G002199| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002199 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002199 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002199 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 30530068 - 30532932 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989034 |
|---|---|
| GeneID | 130989034 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989034 |
| 原始查询 | SmilChr06G002199 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G06740 (MUG3)MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=25.6; qcov=0.748; evalue=4.56e-56; confidence=low |
| Rice | Os12g0597300- identity=29.2; qcov=0.643; evalue=4.31e-62; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989034 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057769005.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769005.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769005.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769005.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057769005.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:30530145 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A9,C32,C54 |
Chr6:30530173 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B119,B22 |
Chr6:30530173 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B119,B22 |
Chr6:30530177 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 76 | A15,A19,A2,A3,A5,A7,B100,B107,B109,B11,B119,B120,B122,B123,B125,B134,B139,B14,B17,B19,B20,B21,B32,B35,B37,B54,B55,B56,B58,B60,B62,B64,B65,B69,B7,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B82,B87,B88,B9,B90,B92,B96,B99,C11,C14,C21,C24,C26,C28,C33,C34,C38,C40,C43,C44,C50,C52,C57,C60,C62,C69,C71,C73,C74,C77,C79,C86,C87,D10,D4 |
Chr6:30530237 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C62 |
Chr6:30530247 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr6:30530255 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B98 |
Chr6:30530285 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B18,B87 |
Chr6:30530323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B86,B95,D9 |
Chr6:30530387 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B118,C58 |
Chr6:30530411 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr6:30530427 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B61 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769005.1PF10551
MULE 408-503 aa
PF00872
Transposase_mut 410-507 aa
PF04434
SWIM 655-685 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769005.1 |
Pfam | PF10551 |
MULE | Domain | 408 | 503 | 6.4e-18 | 65.6 | MULE transposase domain |
XP_057769005.1 |
Pfam | PF00872 |
Transposase_mut | Family | 410 | 507 | 3.3e-08 | 33.5 | Transposase, Mutator family |
XP_057769005.1 |
Pfam | PF04434 |
SWIM | Domain | 655 | 685 | 3.4e-07 | 30.3 | SWIM zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。