Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002206

染色体: Chr06 坐标: 30636917-30638254 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002206
名称SmilChr06G002206
描述uncharacterized SmilChr06G002206
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向30636917 - 30638254 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990751
GeneID130990751
locus_tag-
NCBI NameLOC130990751
原始查询SmilChr06G002206

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF03078 (ATHILA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990751

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770963.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057770963.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057770963.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770963.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770963.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:30636935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr6:30636947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B103,B6,B60,C45
Chr6:30636962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B23,C53
Chr6:30636965 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A3,A5,B76,D6
Chr6:30636966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B103,B69
Chr6:30636967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,C14,C4,C59,D1
Chr6:30636970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr6:30636977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr6:30636995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr6:30637004 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A5,B17,B23,B35,B51,B69,C15,C36,C47,C82,C85,D3,D4
Chr6:30637005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr6:30637016 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770963.1
411 aa
N
1
206
411
ATHILA
C
PF03078 ATHILA 281-408 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770963.1 Pfam PF03078 ATHILA Domain 281 408 3.2e-05 23.7 ATHILA ORF-1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914980.1
ATGGCGAAAACCAAAGGTGAAACTGGTTCCGGAAGCACTCAAGTTCCGGCGAAGAAGAAAGCTGCCAAGCCCCGACCTCTGACTAAACGAACCATCAGACAGACCGCATCCGAGGAAACATCTATCAAAGCCACCGAAGAACCGGTCGTGGTCAGTCAGGCGGAGGAGATAGGACCAGAAGACGTCCCTGTAATGGAGGAACGTGAGGTAGAAAAGGAGACCTCGGAGGAAATGGTCGAGAAATCGGAAAAAGCCATGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990751
ATGGCGAAAACCAAAGGTGAAACTGGTTCCGGAAGCACTCAAGTTCCGGCGAAGAAGAAAGCTGCCAAGCCCCGACCTCTGACTAAACGAACCATCAGACAGACCGCATCCGAGGAAACATCTATCAAAGCCACCGAAGAACCGGTCGTGGTCAGTCAGGCGGAGGAGATAGGACCAGAAGACGTCCCTGTAATGGAGGAACGTGAGGTAGAAAAGGAGACCTCGGAGGAAATGGTCGAGAAATCGGAAAAAGCCATGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770963.1
MAKTKGETGSGSTQVPAKKKAAKPRPLTKRTIRQTASEETSIKATEEPVVVSQAEEIGPEDVPVMEEREVEKETSEEMVEKSEKAMAEEQVAPTPPVKKPRKALKKATPAQTAKERESSPILPAPQAPSLEEGKTATASEEGEEATQEIEVEASTRQSKVARVGVKRKLDVTKPPLPTKTRPAAARSKTKGKEVQSRIRRATPAEKGKGKQAEEDPERTETVDSSRSEEVLAPKKPTSSTATTTKPKLAKQKGLIRTTAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器