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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002208

染色体: Chr06 坐标: 30756286-30756879 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002208
名称SmilChr06G002208
描述uncharacterized SmilChr06G002208
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向30756286 - 30756879 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990752
GeneID130990752
locus_tag-
NCBI NameLOC130990752
原始查询SmilChr06G002208

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990752

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770964.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770964.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770964.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770964.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770964.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:30756303 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 164 A10,A13,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A22,A24,A25,A3,A5,A6,B1,B10,B104,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B118,B12,B120,B123,B124,B125,B126,B129,B13,B130,B131,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B21,B24,B25,B26,B27,B29,B3,B30,B33,B34,B38,B39,B4,B44,B46,B47,B49,B5,B50,B51,B52,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B65,B67,B68,B69,B70,B72,B74,B77,B78,B80,B82,B83,B84,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C23,C24,C25,C26,C27,C29,C30,C31,C32,C35,C36,C38,C4,C40,C43,C44,C45,C46,C47,C49,C51,C53,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C68,C70,C71,C72,C73,C74,C77,C78,C8,C83,C85,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D9
Chr6:30756459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr6:30756506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,B14,B19,B32,C4
Chr6:30756565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr6:30756570 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 35 A2,A20,A23,B108,B118,B15,B2,B22,B24,B26,B34,B38,B39,B44,B5,B52,B57,B62,B67,B75,B77,B84,B86,B9,B97,C2,C25,C36,C4,C51,C53,C73,C84,C9,D7
Chr6:30756591 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B107,B39,B66,B70,B72,C53,C69,C84,D7
Chr6:30756605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr6:30756606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr6:30756625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr6:30756634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B58,C74
Chr6:30756636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B58,C74
Chr6:30756672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B119,B123,B130,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914981.1
ATGGTGAAGAGATTGGGGTTGACCGAGGTGAAGCACCCCAAGCCGTATCGTTTGCAGTGGCTGAATAAGACCGGTGTCATCAAGGTTACGAGACAAGTGAAGGTTCCTTTTCACATTGGGAAGTATGAGGATGAGGTGTTATGTGATGTGATTCCCATGCAAGCGAGCCACATATTGTTGGGGCGTCTGTGGCAGTTTGATCGACGCGTTACTCATGATGGCTTCACCAACAAATATTCCTTTGAGTATAAGCAGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990752
ATGGTGAAGAGATTGGGGTTGACCGAGGTGAAGCACCCCAAGCCGTATCGTTTGCAGTGGCTGAATAAGACCGGTGTCATCAAGGTTACGAGACAAGTGAAGGTTCCTTTTCACATTGGGAAGTATGAGGATGAGGTGTTATGTGATGTGATTCCCATGCAAGCGAGCCACATATTGTTGGGGCGTCTGTGGCAGTTTGATCGACGCGTTACTCATGATGGCTTCACCAACAAATATTCCTTTGAGTATAAGCAGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770964.1
MVKRLGLTEVKHPKPYRLQWLNKTGVIKVTRQVKVPFHIGKYEDEVLCDVIPMQASHILLGRLWQFDRRVTHDGFTNKYSFEYKQKKVSLVPLRPKQVYEDQVQLQNEVEKVKSKEHPIEKKENGLIHKSFLGRASELKWAMKEERPIIEFDDVFPKDTPAGLPPIRGIEH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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