Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002300`

染色体: Chr06 坐标: 33228596-33234612 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002300`
名称	SmilChr06G002300
描述	U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	33228596 - 33234612 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989104`
GeneID	`130989104`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989104`
原始查询	`SmilChr06G002300`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
产物	U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
Arabidopsis	`AT3G50670` (U1-70K) U1 small nuclear ribonucleoprotein-70K [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824230] identity=53.9; qcov=1; evalue=1.33e-156; confidence=high
Rice	`Os10g0115600` (U1-70K) - identity=72.3; qcov=0.524; evalue=1.47e-132; confidence=medium
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005685 (U1 snRNP); GO:0030619 (U1 snRNA binding); GO:0071004 (U2-type prespliceosome); GO:0071011 (precatalytic spliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF12220 (U1snRNP70_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989104

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057769046.1`
2	Nuclear speckle	核斑点	1.00000	`XP_057769046.1`
3	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057769046.1`
4	Chromatin	染色质	0.20000	`XP_057769046.1`
5	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.20000	`XP_057769046.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:33229087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr6:33229120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr6:33229234`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769046.1

504 aa

252

504

U1snRNP70_N

RRM_1

PF12220 U1snRNP70_N 41-129 aa PF00076 RRM_1 140-209 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769046.1`	Pfam	`PF12220`	U1snRNP70_N	Family	41	129	4.5e-20	72.7	U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal
`XP_057769046.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	140	209	5.4e-19	68.5	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913063.1
AATATGAAGTCCCGAAAACCCTTTCCACCAAATCAGTCGGCTATGCCGCTTGACCTATCGACGACGACGCCCTAAATCAGTCCCAATTATAATCGACTCTCGCAATCGCCGATTCCGATCTTCAGAAAACCCTAATTCAACCACTGGAGAAGGATGGGGGACTATGGCGACGCCATGATGCGCAACCAGAACGCCGCCGTTCAGGCCCGCACCAAGGCACAGAACCGCGCAAATGTCATGCAACTCAAATTGATTGGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989104
ATGGGGGACTATGGCGACGCCATGATGCGCAACCAGAACGCCGCCGTTCAGGCCCGCACCAAGGCACAGAACCGCGCAAATGTCATGCAACTCAAATTGATTGGCCAGAGTCATCCAACTGGTTTAACCGCTAATCTTCTGAAATTGTTTGAGCCCCGCCCACCTTTAGAATACAAACCACCACCTGAAAAGAGGAAATGCCCACCATATTCAGGAATAGCTCAATTTGTTAATAATTTTGCTGAGCCGGGCGATCCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769046.1
MGDYGDAMMRNQNAAVQARTKAQNRANVMQLKLIGQSHPTGLTANLLKLFEPRPPLEYKPPPEKRKCPPYSGIAQFVNNFAEPGDPQYAPPVQKGETPTERRARIHQLRLEEGAKKAAEELEKYDPSNDPDIVGDPYKTLFVARLNYETTESRVKREFEAYGPIKRVRLVTDKESNKPRGYAFIEYVHTRDMKAAYKQADGKKIDNRRVLVDVERGRTVPNWRPRRLGGGLGTTRIGSEDANQRPLGREHVQSGGISRSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器