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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002320

染色体: Chr06 坐标: 33465748-33466527 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002320
名称SmilChr06G002320
描述uncharacterized SmilChr06G002320
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向33465748 - 33466527 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990783
GeneID130990783
locus_tag-
NCBI NameLOC130990783
原始查询SmilChr06G002320

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]; symbol=AT4G17250; hit=AT4G17250; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]; symbol=AT4G17250; hit=AT4G17250; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G17250 (AT4G17250)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827439]
identity=42.5; qcov=1.03; evalue=1.03e-57; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990783

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057770999.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057770999.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057770999.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770999.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770999.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:33465752 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 A22,B121
Chr6:33465752 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 A22,B121
Chr6:33465779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr6:33465813 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C57
Chr6:33465813 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 1 C57
Chr6:33465816 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C57
Chr6:33465816 C CGG 2bp_insertion CDS_variant 1 C57
Chr6:33465826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr6:33465923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr6:33465987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B44
Chr6:33466003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr6:33466060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B30,B44,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915016.1
ATGCCGTTGATCGACATGTACGTCGCCCTCGCCTCCTTCGCCTGCTCCGTCTCATTGGCCGCCGATCTCATTCATGGATTCCGGAGCAACAAGTTCTGGTTCCCTTCCAAATACTTCTCTCTCAACGCCACCTCCCTCACGCTCCTCGCCGTCGCTCTCAAGCTGCCCACCGACCTCACCACCAACATGACCGCCGTCACCGACCGCCTTGCCAAGATCAGCAGCCTCGCTCTCATGTCCACTGCCATGGTCAACTTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990783
ATGCCGTTGATCGACATGTACGTCGCCCTCGCCTCCTTCGCCTGCTCCGTCTCATTGGCCGCCGATCTCATTCATGGATTCCGGAGCAACAAGTTCTGGTTCCCTTCCAAATACTTCTCTCTCAACGCCACCTCCCTCACGCTCCTCGCCGTCGCTCTCAAGCTGCCCACCGACCTCACCACCAACATGACCGCCGTCACCGACCGCCTTGCCAAGATCAGCAGCCTCGCTCTCATGTCCACTGCCATGGTCAACTTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770999.1
MPLIDMYVALASFACSVSLAADLIHGFRSNKFWFPSKYFSLNATSLTLLAVALKLPTDLTTNMTAVTDRLAKISSLALMSTAMVNFVPSLGSINIFINVTPLSIFILTVVTDVCFQIVGTRSFLHHRVLLPEEILALILMLILLLVLASTALMVLTTKKCLETKYQERHNFAESQEFSDIGAAVVDKLRNLVNKYWVMAETSSPQFVITRSSACAAAGVTCLANALILAQAIVRAWVEHRSLGRTGSIYGCSTIRILLV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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