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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002332

染色体: Chr06 坐标: 33818395-33838973 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002332
名称SmilChr06G002332
描述lysine-specific demethylase JMJ26-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向33818395 - 33838973 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989158
GeneID130989158
locus_tag-
NCBI NameLOC130989158
原始查询SmilChr06G002332

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lysine-specific demethylase JMJ26-like
产物lysine-specific demethylase JMJ26-like
ArabidopsisAT1G62310 (AT1G62310)
transcription factor jumonji (jmjC) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842529]
identity=46; qcov=0.605; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0430400 (JMJ715)
-
identity=43.8; qcov=0.687; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0000118 (histone deacetylase complex); GO:0000785 (chromatin); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0031490 (chromatin DNA binding); GO:0032454 (histone H3K9 demethylase activity); GO:0033169 (GO:0033169)
KEGG-
PfamPF02373 (JmjC); PF10497 (zf-4CXXC_R1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769076.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057769076.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769076.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769076.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769076.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:33822676 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,D3
Chr6:33829565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:33830185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B134,B84
Chr6:33833536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr6:33837794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B27
Chr6:33837891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr6:33838173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr6:33838302 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A21
Chr6:33838302 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A21
Chr6:33838415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B91
Chr6:33838543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,C74,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769076.1
1220 aa
N
1
610
1220
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF10497 zf-4CXXC_R1 456-521 aa PF02373 JmjC 1071-1166 aa
XP_057769077.1
1220 aa
N
1
610
1220
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF10497 zf-4CXXC_R1 456-521 aa PF02373 JmjC 1071-1166 aa
XP_057769078.1
1204 aa
N
1
602
1204
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF10497 zf-4CXXC_R1 456-521 aa PF02373 JmjC 1055-1150 aa
XP_057769079.1
1204 aa
N
1
602
1204
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF10497 zf-4CXXC_R1 456-521 aa PF02373 JmjC 1055-1150 aa
XP_057769080.1
1158 aa
N
1
579
1158
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF10497 zf-4CXXC_R1 456-521 aa PF02373 JmjC 1071-1157 aa
XP_057769081.1
1142 aa
N
1
571
1142
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF10497 zf-4CXXC_R1 456-521 aa PF02373 JmjC 1055-1141 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769076.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 456 521 8.1e-06 26.6 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057769076.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 1071 1166 1.3e-14 55.3 JmjC domain, hydroxylase
XP_057769077.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 456 521 8.1e-06 26.6 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057769077.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 1071 1166 1.3e-14 55.3 JmjC domain, hydroxylase
XP_057769078.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 456 521 8e-06 26.7 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057769078.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 1055 1150 1.1e-14 55.5 JmjC domain, hydroxylase
XP_057769079.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 456 521 8e-06 26.7 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057769079.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 1055 1150 1.1e-14 55.5 JmjC domain, hydroxylase
XP_057769080.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 456 521 7.6e-06 26.7 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057769080.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 1071 1157 6.9e-11 43.3 JmjC domain, hydroxylase
XP_057769081.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 456 521 7.5e-06 26.8 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057769081.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 1055 1141 6e-11 43.5 JmjC domain, hydroxylase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913096.1
CGCCCTTTCACAAAATTCATTGGTATTCGGTCCGCTCTTTTCAATTTCAACTTTTCGAAAAAGGATACGCAGCAGCCGACGGCGACTGTCAGGAATCCTGCAAAGAGTGAGAGTTAAATGGATCTGAATTTTCCGGAAACAGTTGGAGGGGAAGCAGGTATGGACAAGTTTACCGATGGAGAGACAGAGAGGGATGTTAGAGAAGCGGTGGAGCTCATTAATGGGGACGGAGGGAGCGGTTACTGCGGAAAAGAAGAGAG...
XM_057913095.1
CGCCCTTTCACAAAATTCATTGGTATTCGGTCCGCTCTTTTCAATTTCAACTTTTCGAAAAAGGATACGCAGCAGCCGACGGCGACTGTCAGGAATCCTGCAAAGAGTGAGAGTTAAATGGATCTGAATTTTCCGGAAACAGTTGGAGGGGAAGCAGGTATGGACAAGTTTACCGATGGAGAGACAGAGAGGGATGTTAGAGAAGCGGTGGAGCTCATTAATGGGGACGGAGGGAGCGGTTACTGCGGAAAAGAAGAGAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130989158
ATGGATCTGAATTTTCCGGAAACAGTTGGAGGGGAAGCAGGTATGGACAAGTTTACCGATGGAGAGACAGAGAGGGATGTTAGAGAAGCGGTGGAGCTCATTAATGGGGACGGAGGGAGCGGTTACTGCGGAAAAGAAGAGAGAGAAAGGGATGTAGAAGGAGAAGAGAAGGATATTAGTAAAGCGGAGAGAGGAAGCAGTTCGCGGGTGGTCGGTAGCAAGAGAGCGTCGACACGGACGTGGTCCTTGCTGGCCACGGA...
LOC130989158
ATGGATCTGAATTTTCCGGAAACAGTTGGAGGGGAAGCAGGTATGGACAAGTTTACCGATGGAGAGACAGAGAGGGATGTTAGAGAAGCGGTGGAGCTCATTAATGGGGACGGAGGGAGCGGTTACTGCGGAAAAGAAGAGAGAGAAAGGGATGTAGAAGGAGAAGAGAAGGATATTAGTAAAGCGGAGAGAGGAAGCAGTTCGCGGGTGGTCGGTAGCAAGAGAGCGTCGACACGGACGTGGTCCTTGCTGGCCACGGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057769076.1
MDLNFPETVGGEAGMDKFTDGETERDVREAVELINGDGGSGYCGKEERERDVEGEEKDISKAERGSSSRVVGSKRASTRTWSLLATEKIVKLNEEVYDWEYDRKRRKRKSDKTWDTGLGGESEVEEANVEGQSARWRESENVESEGMGLGGEAEGEEKNVEGQGAKRRPGRKRKVVKCEDTGLGGKAEGEEKNAEGQGAKKRPGRKRKVVKCEDTGLGVEAEGEEKNVDGLGAKRRPGRKRKVVKCEDTGLGGKAEGEEK...
XP_057769077.1
MDLNFPETVGGEAGMDKFTDGETERDVREAVELINGDGGSGYCGKEERERDVEGEEKDISKAERGSSSRVVGSKRASTRTWSLLATEKIVKLNEEVYDWEYDRKRRKRKSDKTWDTGLGGESEVEEANVEGQSARWRESENVESEGMGLGGEAEGEEKNVEGQGAKRRPGRKRKVVKCEDTGLGGKAEGEEKNAEGQGAKKRPGRKRKVVKCEDTGLGVEAEGEEKNVDGLGAKRRPGRKRKVVKCEDTGLGGKAEGEEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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