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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002354

染色体: Chr06 坐标: 34262745-34265742 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002354
名称SmilChr06G002354
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g35370
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34262745 - 34265742 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989174
GeneID130989174
locus_tag-
NCBI NameLOC130989174
原始查询SmilChr06G002354

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g35370
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g35370
ArabidopsisAT5G35370 (AT5G35370)
S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833498]
identity=49; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0767400
-
identity=45.4; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF01453 (B_lectin); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769095.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769095.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769095.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769095.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769095.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34262971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:34263099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr6:34263186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr6:34263252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr6:34263310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C18
Chr6:34263336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr6:34263441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:34263510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr6:34263716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:34263828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:34263851 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 2 A18,B47
Chr6:34263851 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 2 A18,B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769095.1
869 aa
N
1
434
869
B_lectin
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01453 B_lectin 80-164 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 515-797 aa PF00069 Pkinase 516-796 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769095.1 Pfam PF01453 B_lectin Repeat 80 164 1.1e-15 58.7 D-mannose binding lectin
XP_057769095.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 515 797 1.5e-48 166.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769095.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 516 796 8.5e-49 167.0 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913112.1
AACACATAAGTTTGAATAATTAAAAATACACCAATGTATCGAATAAGTTTGAAAAAAAGAGTAATCTCAAATTAAAAATTAAAAAAGGATTTATTTATATGAAGTGAAAATCCAAAGCGGCGGCAGCCAGCGTGGCCACGACAGATAAAGTCAACGCAGAGCACATAACATAGGTCCCTATCACACTCACACGTTCCTTCCCTTATGAGGAAAAAGATTATCTGAATAATGATCCAAGTTTCAAGCCCAAACCCCCAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989174
ATGGGCCGACCACTGCTCCTCCCTTTCTGCTTCATCCTTCTCTCCGCCGATCTCATCCTCGCCGGCCCCATTTCCATCCCATCCATACAGATAAACTTCACTGCCTCTTACCTTCAATTCATAGACAACTCCGGCGCCTTCCTCGCCTCTCAGAAAGGCTCCTTCGAGGCCCGAATAACGAATTCAAAGCCCGAATCCAAATCCTTCTACTTTGTCGTCATCCACGTCGCCTCCCACACCATCGTCTGGTCCGCCAACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769095.1
MGRPLLLPFCFILLSADLILAGPISIPSIQINFTASYLQFIDNSGAFLASQKGSFEARITNSKPESKSFYFVVIHVASHTIVWSANRNRPISLSSQLRLTEKGLTLYNDTGLPIWSTPPNPRPVSSLHLLESGNLILLDSVNSTVWQSFDFPTDLLVVGQPLRVGKSLVAPLGGDDGELSEGGYRLVVGDDDAVLQWNGMVYWKLSMDGKAFRDANFAVEFLIVNTTGLFLMGGENGRRVVMKRIFDTAAANSSDFGFAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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