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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002369

染色体: Chr06 坐标: 34515058-34520673 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002369
名称SmilChr06G002369
描述receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34515058 - 34520673 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989184
GeneID130989184
locus_tag-
NCBI NameLOC130989184
原始查询SmilChr06G002369

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase FERONIA
产物receptor-like protein kinase FERONIA
ArabidopsisAT5G39000 (AT5G39000)
Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833892]
identity=38.2; qcov=0.572; evalue=1.84e-148; confidence=medium
RiceOs04g0563900 (OsRLCK157)
-
identity=64.1; qcov=0.227; evalue=5.59e-143; confidence=weak
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF11721 (Malectin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989184

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769109.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769109.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769109.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769109.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769109.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34515233 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B13
Chr6:34515233 T TTC 2bp_insertion CDS_variant 1 B13
Chr6:34515240 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 13 A11,A16,A9,B102,B35,B46,B53,B64,B66,B94,C26,C33,C58
Chr6:34515271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr6:34515284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C26
Chr6:34515381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr6:34515428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr6:34515467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr6:34515497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:34515941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B32,C4
Chr6:34516039 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C33
Chr6:34516039 A AGT 2bp_insertion CDS_variant 1 C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769109.1
1433 aa
N
1
716
1433
Malectin
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF11721 Malectin 26-157 aa PF00069 Pkinase 441-712 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 444-715 aa PF00069 Pkinase 1155-1425 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 1155-1427 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769109.1 Pfam PF11721 Malectin Domain 26 157 5.2e-06 27.3 Malectin domain
XP_057769109.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 441 712 4.3e-95 318.8 Protein kinase domain
XP_057769109.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 444 715 3.4e-98 328.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769109.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 1155 1425 4.3e-95 318.8 Protein kinase domain
XP_057769109.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 1155 1427 3.4e-98 328.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913126.1
GCCGCGTGATAAACAGTCAAAACCGTTTACTTGAGAGTTGACCCTCAATTTCAAAATTTCCCAAGTACCAGAGTAATAATCTCATCTGATTCTTCTTCTTCTCATGATAATTTCCAATTTTGAATGAGAATTACATGCAAATTAATGCACCGTTTTTTGATTCTCTGCTTCCTCTTCACTTATACAGCTGCTGATCACATTTCTATCAACTGCGGCGGCGGAGCTGCAGCTGTCAGTGGCAGAAAATGGGGCGGAGACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989184
ATGAGAATTACATGCAAATTAATGCACCGTTTTTTGATTCTCTGCTTCCTCTTCACTTATACAGCTGCTGATCACATTTCTATCAACTGCGGCGGCGGAGCTGCAGCTGTCAGTGGCAGAAAATGGGGCGGAGACTCATACGCTACACCGAAAGGCTCATCAAAGGCATCCACTGTCAAGGGAGAGCTGATCACAGCCGTCGATCCACTTCCCTACAGCACCGCACGCATCTCCCGCTCCCAATTTTCCTACTCCTTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769109.1
MRITCKLMHRFLILCFLFTYTAADHISINCGGGAAAVSGRKWGGDSYATPKGSSKASTVKGELITAVDPLPYSTARISRSQFSYSFHLTPGQKFIRLHFNPVYYHGFESFHDLFSVEAGPFTLLANFSASLTARALSLNILAKEFCIVIQQNQPLNIVFSPETRYNYAFINGIEIISVPSTISYCHGGDSGVHVLGQKTVIYIDNTTALERVYHQNIKWGSVSFVNDIGGMFGVWASLLQENANKASNLSYGVSVDVGFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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