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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002373

染色体: Chr06 坐标: 34569996-34570900 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002373
名称SmilChr06G002373
描述uncharacterized SmilChr06G002373
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34569996 - 34570900 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990801
GeneID130990801
locus_tag-
NCBI NameLOC130990801
原始查询SmilChr06G002373

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G27260 (AT5G27260)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]
identity=24.6; qcov=0.815; evalue=1.69e-06; confidence=weak
RiceOs02g0328500
-
identity=31.6; qcov=0.463; evalue=9.33e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771018.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771018.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771018.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771018.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771018.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34570000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:34570017 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C65
Chr6:34570017 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C65
Chr6:34570060 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 101 A1,A11,A14,A19,A20,A21,A24,A9,B101,B102,B104,B106,B108,B113,B115,B117,B119,B120,B124,B129,B130,B132,B135,B139,B14,B15,B2,B20,B24,B25,B28,B32,B34,B35,B36,B46,B47,B48,B49,B51,B53,B56,B59,B60,B61,B63,B64,B65,B66,B70,B72,B79,B8,B82,B83,B89,B9,B91,B93,B94,B96,B97,C12,C13,C15,C16,C18,C19,C22,C26,C27,C29,C3,C31,C32,C33,C4,C42,C43,C47,C49,C5,C50,C52,C56,C58,C59,C60,C61,C62,C64,C65,C68,C7,C70,C77,C85,C87,D10,D5,D7
Chr6:34570082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B66,B83
Chr6:34570085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr6:34570120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B57,B62,C61
Chr6:34570126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B95
Chr6:34570127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr6:34570138 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B95
Chr6:34570138 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B95
Chr6:34570141 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915035.1
AGGGGAAAATGGATTAAGAACTAGGCATCATCTTTTTCTTGAGGATCAAATGAAGGTGGCCATTCCAGGAATTACACTTGTTGCGGAACCCCACATAAAATCAATGGTTCACGTGTGGAAGAGGCAATATAGTTTCTTGTCGGGACTTATATCAAAGAGTGGAAATAGCTGGAACCCTATTCAAAAAAAGGTTGAATGCACAAAAGAATCTTGGGATGAAATGTACAAGGGCTATACACCAATGAGGAACAAGATGGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990801
ATGAAGGTGGCCATTCCAGGAATTACACTTGTTGCGGAACCCCACATAAAATCAATGGTTCACGTGTGGAAGAGGCAATATAGTTTCTTGTCGGGACTTATATCAAAGAGTGGAAATAGCTGGAACCCTATTCAAAAAAAGGTTGAATGCACAAAAGAATCTTGGGATGAAATGTACAAGGGCTATACACCAATGAGGAACAAGATGGATGACCCTTGGCCATTTTATGAAGATTGGATTGAAATATTTGGCAAAGATAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771018.1
MKVAIPGITLVAEPHIKSMVHVWKRQYSFLSGLISKSGNSWNPIQKKVECTKESWDEMYKGYTPMRNKMDDPWPFYEDWIEIFGKDRATGDNSINFGEAANGVLNNVNEALSKDTVNEALNINAEISEFNETDLDKVNEDFLPTGDDCDTASGSGSNLVRKKRKAVSSICEDAFVEVVSNFVKKTDETLVQMVQSLAPKGMFDIG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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