Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002378`

染色体: Chr06 坐标: 34626273-34631924 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002378`
名称	SmilChr06G002378
描述	ubiquitin domain-containing protein DSK2b-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	34626273 - 34631924 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989198`
GeneID	`130989198`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989198`
原始查询	`SmilChr06G002378`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin domain-containing protein DSK2b-like
产物	ubiquitin domain-containing protein DSK2b-like
Arabidopsis	`AT2G17200` (DSK2) ubiquitin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816225] identity=64.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0542200` (OSJNBb0015I11.23) - identity=56.1; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005829 (cytosol); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0031593 (polyubiquitin modification-dependent protein binding)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00240 (ubiquitin); PF00627 (UBA); PF11976 (Rad60-SLD); PF23195 (UBQLN1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989198

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057769123.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057769123.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057769123.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057769123.1`
5	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057769123.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:34626630`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B125
`Chr6:34626630`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B125
`Chr6:34626857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B62
`Chr6:34628495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr6:34629100`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr6:34629364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr6:34629766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769123.1

540 aa

270

540

Rad60-SLD

ubiquitin

UBQLN1

UBA

PF11976 Rad60-SLD 18-86 aa PF00240 ubiquitin 19-87 aa PF23195 UBQLN1 164-289 aa PF23195 UBQLN1 369-459 aa PF00627 UBA 498-534 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769123.1`	Pfam	`PF11976`	Rad60-SLD	Family	18	86	5.3e-09	36.5	Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
`XP_057769123.1`	Pfam	`PF00240`	ubiquitin	Domain	19	87	1.5e-20	73.4	Ubiquitin family
`XP_057769123.1`	Pfam	`PF23195`	UBQLN1	Domain	164	289	5.1e-63	211.0	Ubiquilin-1-like domain
`XP_057769123.1`	Pfam	`PF23195`	UBQLN1	Domain	369	459	5.1e-63	211.0	Ubiquilin-1-like domain
`XP_057769123.1`	Pfam	`PF00627`	UBA	Domain	498	534	1.2e-09	38.5	UBA/TS-N domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913140.1
TCAAATCCTATTTACTTCGCTTTCTCTATTAATTACTTCCCTGCATTTCAACACAAGACAGGACTCTAGGCTCTGATTTGTTTCGATTTAGTGTTAGGGTTTTTGATTGATTTCATCGACGACGAAAATAAATTAAACCGCAAAAAATGGCTGCGGAGGCGGACTCCAGCGCGGGGGTTGCGGCGATTGAGGAGGTGAACGTAAACATCCGATGCTCAAACGGCTCTAAATTTTCGGTGAAAACGAGCCTCGAATCGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989198
ATGGCTGCGGAGGCGGACTCCAGCGCGGGGGTTGCGGCGATTGAGGAGGTGAACGTAAACATCCGATGCTCAAACGGCTCTAAATTTTCGGTGAAAACGAGCCTCGAATCGACGGTGGCGGAATTCAAAGGTGTTTTGGCGCAGAATTGCGATGTGCCAGCTGAACAACAGCGGTTGATCTACAAAGGCCGGATCTTGAAGGACGACCAAACCCTAGTCAGCTATGGTTTGCAGGCAGATCACACTATTCACATGGTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769123.1
MAAEADSSAGVAAIEEVNVNIRCSNGSKFSVKTSLESTVAEFKGVLAQNCDVPAEQQRLIYKGRILKDDQTLVSYGLQADHTIHMVRGSAPAATSSPAPVPTGAGNTNTTPAATQGGGPNPGGTGVAGTGASLFPGLGLGGLGGTGASGLFGAGLPEFEQVQQQLTQNPNMMRDIMNMPAIQSLMNNPEIMRSLIMSNPQMREIIDRNPELAHILNDPSVLRQTLEAARNPELMREMMRNTDRAMSNIESSPEGFNMLRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器