Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002383`

染色体: Chr06 坐标: 34652570-34655259 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002383`
名称	SmilChr06G002383
描述	SEC1 family transport protein SLY1
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	34652570 - 34655259 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989202`
GeneID	`130989202`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989202`
原始查询	`SmilChr06G002383`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SEC1 family transport protein SLY1
产物	SEC1 family transport protein SLY1
Arabidopsis	`AT2G17980` (ATSLY1) Sec1/munc18-like (SM) proteins superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816310] identity=75.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0620800` (SLY1) - identity=60.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005829 (cytosol); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0019905 (syntaxin binding)
KEGG	-
Pfam	PF00995 (Sec1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989202

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057769132.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	1.00000	`XP_057769132.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057769132.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057769132.1`
5	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.40000	`XP_057769132.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:34652861`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr6:34652910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B66,B98,C36
`Chr6:34653509`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr6:34653666`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B82,C20
`Chr6:34653771`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B140,B23,D11,D3
`Chr6:34654036`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:34654080`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr6:34654098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B101,C2,C32,C68
`Chr6:34654236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C65
`Chr6:34654431`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B101,C2,C32,C68
`Chr6:34654718`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B52,C46
`Chr6:34654764`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B139,B82,C16,C20,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769132.1

623 aa

312

623

Sec1

PF00995 Sec1 36-601 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769132.1`	Pfam	`PF00995`	Sec1	Family	36	601	2.7e-123	413.9	Sec1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913149.1
TACAACTTGAGATGGAAGACGTACAACTTGTAACTCCCTAAGCAAAAAAAAGACACAAAATTCAGATCTCTCTCTCCCCTCTCTCTAATCGCTCCAAGCTGCGAAAATACAGAAAAATTACTCCGCAGAAATGGCGCTAAATCTCCGGCAGAAGCAAACCGAGTGCATCATTAAGATGCTGAATCTGAACCAGGCTGTCGGCACCGTCGGCGGAACGGCGAACGAGGAGGTCTACAAGATCCTGATCTACGACAGATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989202
ATGGCGCTAAATCTCCGGCAGAAGCAAACCGAGTGCATCATTAAGATGCTGAATCTGAACCAGGCTGTCGGCACCGTCGGCGGAACGGCGAACGAGGAGGTCTACAAGATCCTGATCTACGACAGATTCTGCCAGGATATACTCTCTCCGTTGATCCACGTCAAGGATTTGCGGAAGCACGGAATCACGCTATATTTCCTCGTCGATAAGGATCGGAATCCCGTCCACGACGTCCCCGCCGTCTACTTCCTCCAGCCGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769132.1
MALNLRQKQTECIIKMLNLNQAVGTVGGTANEEVYKILIYDRFCQDILSPLIHVKDLRKHGITLYFLVDKDRNPVHDVPAVYFLQPTHQNVQRIVADASRALYDSFHLNFSSSIPRPLLEDLATGTMNSDSIQRISKVHDQYLEFVTLEDNLFSLANKNCYVQLNDPSAGDKEIEEIIEKIVGGLFCVLATLAVVPIIRCPRGGPAEMVASLLDQRLRDHLLAKNNLFTEGGNFTSSFQRPILCLFDRNFELSVAIQHDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器