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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002400

染色体: Chr06 坐标: 34773005-34773784 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002400
名称SmilChr06G002400
描述uncharacterized SmilChr06G002400
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34773005 - 34773784 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990811
GeneID130990811
locus_tag-
NCBI NameLOC130990811
原始查询SmilChr06G002400

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AT2G17080; symbol=AT2G17080; hit=AT2G17080; species=arabidopsis; confidence=medium
产物AT2G17080; symbol=AT2G17080; hit=AT2G17080; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G17080 (AT2G17080)
-
identity=40.9; qcov=1.02; evalue=3.04e-40; confidence=medium
RiceOs11g0159900
-
identity=29.7; qcov=1.04; evalue=4.6e-19; confidence=low
GOGO:0048364 (root development); GO:0048367 (shoot system development)
KEGG-
PfamPF03087 (BPS1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990811

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771029.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771029.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057771029.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771029.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771029.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34773170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:34773222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A13,A16,B46,B69
Chr6:34773252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B83,C42,C7
Chr6:34773281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,D4
Chr6:34773286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr6:34773354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,B32
Chr6:34773380 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B62
Chr6:34773408 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C51,C74,C80
Chr6:34773416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,A13,A16,B46
Chr6:34773482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr6:34773584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B62
Chr6:34773592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771029.1
259 aa
N
1
130
259
BPS1
C
PF03087 BPS1 55-256 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771029.1 Pfam PF03087 BPS1 Family 55 256 9.9e-53 180.0 Protein BPS1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915046.1
ATGGCTCCCTCACCTTTGAGATCCAAGTCACTTAACCATGGCCGCTCTCTTAGCTTCCCATCCTCATCACATCCTGCTATTACTCACTTCGATGAGAACTTATCCATATTGAGATCTTCCGAGGATGCTTGCTCGTCGCTCTCATCCATCAACCGCACTGCAAATGGCCTCAGAAACTTATATGAGAGCATCGATGATTTGCTGCTCTTGCCTCACATTCAACAGATTGTTTCTGAGGAGTGTGTTGACGATTACATCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990811
ATGGCTCCCTCACCTTTGAGATCCAAGTCACTTAACCATGGCCGCTCTCTTAGCTTCCCATCCTCATCACATCCTGCTATTACTCACTTCGATGAGAACTTATCCATATTGAGATCTTCCGAGGATGCTTGCTCGTCGCTCTCATCCATCAACCGCACTGCAAATGGCCTCAGAAACTTATATGAGAGCATCGATGATTTGCTGCTCTTGCCTCACATTCAACAGATTGTTTCTGAGGAGTGTGTTGACGATTACATCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771029.1
MAPSPLRSKSLNHGRSLSFPSSSHPAITHFDENLSILRSSEDACSSLSSINRTANGLRNLYESIDDLLLLPHIQQIVSEECVDDYISLLDACSSVKDLISLVKEDLRGLLSSVRRKDVRGINGYLASRKKSKKMIQKCLKKLRRSSASASSENVSMLKDAESAAISLLESLLTYTLGTKMQETKSSWSLVSKLMQSKKASDDENEFNKVESFLQLNQENELVNHLKAMDSSIQVVEEELESIFRQLIKTRVSLLNILNH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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