当前解析结果
SmilChr06G002422| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002422 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002422 |
| 描述 | lysine histidine transporter-like 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 34968143 - 34972739 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989227 |
|---|---|
| GeneID | 130989227 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989227 |
| 原始查询 | SmilChr06G002422 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | lysine histidine transporter-like 7 |
| 产物 | lysine histidine transporter-like 7 |
| Arabidopsis | AT4G35180 (LHT7)LYS/HIS transporter 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829671] identity=44.8; qcov=0.968; evalue=1.94e-137; confidence=medium |
| Rice | Os04g0562100 (OsLHT7)- identity=47.7; qcov=0.909; evalue=9e-145; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01490 (Aa_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989227 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057769160.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057769160.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057769160.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769160.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769160.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:34968467 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr6:34968518 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B101,B82,C48,C85 |
Chr6:34968519 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,B12,D10 |
Chr6:34968524 |
CGG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 160 | A1,A11,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A3,A4,A6,A7,B1,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B120,B121,B123,B125,B126,B128,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B137,B14,B140,B16,B19,B2,B20,B21,B26,B27,B30,B32,B34,B37,B4,B42,B43,B44,B48,B5,B50,B51,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B61,B63,B64,B67,B69,B7,B71,B74,B75,B77,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C12,C15,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C34,C36,C38,C39,C40,C41,C43,C46,C48,C5,C50,C51,C54,C55,C56,C57,C58,C6,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C70,C71,C74,C76,C77,C78,C80,C83,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D7,D8 |
Chr6:34968538 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B21,B89,C45,C55,D4 |
Chr6:34968557 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A3,D10,D7 |
Chr6:34968578 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B126,B51 |
Chr6:34968624 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr6:34968626 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B43 |
Chr6:34971073 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,B137,B55,C2 |
Chr6:34971109 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | A20,B51 |
Chr6:34971109 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | A20,B51 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769160.1PF01490
Aa_trans 70-475 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769160.1 |
Pfam | PF01490 |
Aa_trans | Domain | 70 | 475 | 3.8e-49 | 168.2 | Transmembrane amino acid transporter protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。