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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002423

染色体: Chr06 坐标: 34971203-34975767 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002423
名称SmilChr06G002423
描述uncharacterized SmilChr06G002423
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向34971203 - 34975767 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989228
GeneID130989228
locus_tag-
NCBI NameLOC130989228
原始查询SmilChr06G002423

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述late embryosis abundant protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818799]; symbol=AT2G41990; hit=AT2G41990; species=arabidopsis; confidence=high
产物late embryosis abundant protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818799]; symbol=AT2G41990; hit=AT2G41990; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G41990 (AT2G41990)
late embryosis abundant protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818799]
identity=51.5; qcov=0.984; evalue=4.54e-88; confidence=high
RiceOs04g0689500
-
identity=49.5; qcov=1; evalue=1.99e-78; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769161.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057769161.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769162.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769162.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769162.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:34973336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr6:34973458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr6:34973483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B66,B98
Chr6:34974025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B37,B58,C5,C80
Chr6:34974039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:34974093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B37,B58,C5,C80
Chr6:34975220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B27,B57,B59
Chr6:34975233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B98
Chr6:34975404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913181.1
TGCATTAACCTCGGAATTCACAAACGTTTTCGGACAAACAAACCCATCAAAATTATCCAAAATAAAAGAAATTTATTACTACCATTTCCTAGAAAACCTTCTATCCCTGCATTAAACCCTTCTGTAAGCGTACCCACAACTATCAAACAGATAAATATATTTATTGCAGATCATCTCTCTCTCTCTAAAATTCCTAATCAATGGGCGTAGCAATGCACGTAAAGTCGGACTCGGAGGTGACGAGCCTCGACGCGTCGTCG...
XM_057913180.1
CCAGTTGCATTAACCTCGGAATTCACAAACGTTTTCGGACAAACAAACCCATCAAAATTATCCAAAATAAAAGAAATTTATTACTACCATTTCCTAGAAAACCTTCTATCCCTGCATTAAACCCTTCTGTAAGCGTACCCACAACTATCAAACAGATAAATATATTTATTGCAGATCATCTCTCTCTCTCTAAAATTCCTAATCAATGGGCGTAGCAATGCACGTAAAGTCGGACTCGGAGGTGACGAGCCTCGACGCGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130989228
ATGGGCGTAGCAATGCACGTAAAGTCGGACTCGGAGGTGACGAGCCTCGACGCGTCGTCGCCGCCGCGCTCGCCGCGGCGGCCGCTCTACTACGTGCAGAGCCCGTCGCACTCGCAGCAGCACGACCTCGAGAAGATGTCGTACGGCTCCAGCCCCTTCGCCTCTCCCCCCCACCACTACCACTACCACTGCTCCCCGATTCACCACTCCCGCGAGTCCTCCACCTCCAGATTCTCCGCCTCCCTCAAGAACCCCCGCCA...
LOC130989228
ATGGGCGTAGCAATGCACGTAAAGTCGGACTCGGAGGTGACGAGCCTCGACGCGTCGTCGCCGCCGCGCTCGCCGCGGCGGCCGCTCTACTACGTGCAGAGCCCGTCGCACTCGCAGCAGCACGACCTCGAGAAGATGTCGTACGGCTCCAGCCCCTTCGCCTCTCCCCCCCACCACTACCACTACCACTGCTCCCCGATTCACCACTCCCGCGAGTCCTCCACCTCCAGATTCTCCGCCTCCCTCAAGAACCCCCGCCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057769161.1
MGVAMHVKSDSEVTSLDASSPPRSPRRPLYYVQSPSHSQQHDLEKMSYGSSPFASPPHHYHYHCSPIHHSRESSTSRFSASLKNPRHSSGAGGWRRMHRKYDEVGAEAEGEEEGEGEDEREDGAQVRFYVACFLLSFVVLFSIFSLILWAASFAYKPTIIVKNILFENFYVQAGMDASGVPTDMLTLNSTVKIFYRNPATFFGVHVTSTPLELHYFDLKIASGHQMAKFYQSRKSDRKVIAVVQGRQVPLYGGIPALAVA...
XP_057769162.1
MGVAMHVKSDSEVTSLDASSPPRSPRRPLYYVQSPSHSQQHDLEKMSYGSSPFASPPHHYHYHCSPIHHSRESSTSRFSASLKNPRHSSGAGGWRRMHRKYDEVGAEAEGEEEGEGEDEREDGAQVRFYVACFLLSFVVLFSIFSLILWAASFAYKPTIIVKNILFENFYVQAGMDASGVPTDMLTLNSTVKIFYRNPATFFGVHVTSTPLELHYFDLKIASGHMAKFYQSRKSDRKVIAVVQGRQVPLYGGIPALAVAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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