Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002424`

染色体: Chr06 坐标: 34984552-34989775 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002424`
名称	SmilChr06G002424
描述	L-ascorbate oxidase homolog
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	34984552 - 34989775 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989231`
GeneID	`130989231`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989231`
原始查询	`SmilChr06G002424`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	L-ascorbate oxidase homolog
产物	L-ascorbate oxidase homolog
Arabidopsis	`AT1G76160` (sks5) SKU5 similar 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843948] identity=73.5; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0678800` - identity=70.7; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005507 (copper ion binding); GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00394 (Cu-oxidase); PF07731 (Cu-oxidase_2); PF07732 (Cu-oxidase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989231

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057769165.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769165.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769165.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769165.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769165.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:34986877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr6:34987751`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B32
`Chr6:34987751`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B32
`Chr6:34987831`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B131,C59,D10
`Chr6:34988343`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B62,B91
`Chr6:34988343`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B62,B91
`Chr6:34988365`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B45,B91
`Chr6:34988365`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B45,B91
`Chr6:34988370`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B45,B91,B96
`Chr6:34988370`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B45,B91,B96
`Chr6:34988388`	`T`	`TA`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	2	B11,C76
`Chr6:34988388`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B11,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769165.1

533 aa

266

533

Cu-oxidase_3

Cu-oxidase

Cu-oxidase_2

PF07732 Cu-oxidase_3 28-141 aa PF00394 Cu-oxidase 154-291 aa PF07731 Cu-oxidase_2 371-509 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769165.1`	Pfam	`PF07732`	Cu-oxidase_3	Domain	28	141	2e-38	131.8	Multicopper oxidase
`XP_057769165.1`	Pfam	`PF00394`	Cu-oxidase	Domain	154	291	7.1e-44	150.4	Multicopper oxidase
`XP_057769165.1`	Pfam	`PF07731`	Cu-oxidase_2	Domain	371	509	1.6e-35	122.6	Multicopper oxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913182.1
ATTCGATGCAATAGCTTGTTGTACATCGTGCAGCAGTATTTGTACATTTGGAAGGCGGGGTGGGGTGGGGGAGGGGGGTGGTTGATTATCAACCCACGCATTTGGTAGTCTAAACCCACCGCTACGCTATCTATTTCTTGACGTCTTTTTCTTCTTCATTTCATACACATTGTATTTTCTACTCCAATTTTAATTCCATCATCATCTGCTAATGCCATTCTGTTTCCAGTTCATCTTCATTTGTATATATAATAAATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989231
ATGTTGCATTTGATAGTTTTGATTCTTTTTATAGCTGGAGGTGTGAGAGCTGAGGATCCTTACCGATTCTTCACTTGGAACGTCACTTACGGCGACATTTACCCATTAGGCGTTCGACAACAGGGAATTTTGATAAATGGGCAATTTCCAGGACCTGATATATATTCAGTCACAAACGATAACATTATAATCAACGTTTTCAATAATTTGCCAGAGCCATTCCTCCTCTCATGGAGTGGGGTCCAGCAGAGGAAGAACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769165.1
MLHLIVLILFIAGGVRAEDPYRFFTWNVTYGDIYPLGVRQQGILINGQFPGPDIYSVTNDNIIINVFNNLPEPFLLSWSGVQQRKNSFQDGVYGTTCPIPPGHNFTYTMQMKDQIGSFYYFPSLAFHKAAGGFGAIRILSRPRIPVPFADPDADYSILIGDWYKANHKVLQKVLDSGSMLAFPDGVLINGRGGNDTQFTVEPGKTYRLRISNVGLRNSLNFRIQGHNMKLVEVEGTHTMQSMLSSLDVHVGQSYSVLVTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器