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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002432

染色体: Chr06 坐标: 35081542-35082730 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002432
名称SmilChr06G002432
描述uncharacterized SmilChr06G002432
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向35081542 - 35082730 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989240
GeneID130989240
locus_tag-
NCBI NameLOC130989240
原始查询SmilChr06G002432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0142200; species=rice; confidence=high
产物hit=Os01g0142200; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT4G34412 (AT4G34412)
EKC/KEOPS complex subunit tprkb-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829592]
identity=71.3; qcov=1; evalue=1.17e-70; confidence=high
RiceOs01g0142200
-
identity=73.4; qcov=1; evalue=1e-73; confidence=high
GOGO:0000408 (EKC/KEOPS complex); GO:0000722 (telomere maintenance via recombination); GO:0002949 (tRNA threonylcarbamoyladenosine modification); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol)
KEGG-
PfamPF08617 (CGI-121)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989240

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057769174.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057769174.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057769174.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057769174.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769174.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:35081871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr6:35081872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B59,B90
Chr6:35081878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr6:35081896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C5
Chr6:35082041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B98,C48
Chr6:35082319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B62
Chr6:35082429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C85
Chr6:35082449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr6:35082462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C48,C5,C51,C74
Chr6:35082474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:35082534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769174.1
143 aa
N
1
72
143
CGI-121
C
PF08617 CGI-121 3-141 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769174.1 Pfam PF08617 CGI-121 Domain 3 141 1.7e-37 129.6 Kinase binding protein CGI-121

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913191.1
AAATCTCTTATGAAGAAGGAGATGAAACCTGGTTTTTGTGTGCAGAGAGCTTTTGGAGTTGATGCAAGCAGGGACTTTGGAACCAGAAGTAGCATTTCTCAATGCTTCACTTATACCAGATGTTTTCCCTGTTCTTGCTGCTGCATACAAGACGCTCGTAGCGAAATCACGAGACTCACTGATGACTCGCACTCTTCATTCGGAGCTTGTCTACAACTACTCGGGCTCCAAACATATATCGGAGTCCTTGAAGAGGTGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989240
ATGCAAGCAGGGACTTTGGAACCAGAAGTAGCATTTCTCAATGCTTCACTTATACCAGATGTTTTCCCTGTTCTTGCTGCTGCATACAAGACGCTCGTAGCGAAATCACGAGACTCACTGATGACTCGCACTCTTCATTCGGAGCTTGTCTACAACTACTCGGGCTCCAAACATATATCGGAGTCCTTGAAGAGGTGCGGCATATCAGACAGCACCTCTTACATCCTCGCTGCTCGTTTTGGTGCTTCAGCTGATGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769174.1
MQAGTLEPEVAFLNASLIPDVFPVLAAAYKTLVAKSRDSLMTRTLHSELVYNYSGSKHISESLKRCGISDSTSYILAARFGASADEMTALKRLIKGTYIGLEELETRADQARIHKHYKISAPELGISSVADAITCRISARDAL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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