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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002438

染色体: Chr06 坐标: 35120968-35124071 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002438
名称SmilChr06G002438
描述F-box/LRR-repeat protein 10
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向35120968 - 35124071 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989244
GeneID130989244
locus_tag-
NCBI NameLOC130989244
原始查询SmilChr06G002438

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/LRR-repeat protein 10
产物F-box/LRR-repeat protein 10
ArabidopsisAT2G17020 (AT2G17020)
F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816205]
identity=57.3; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0135400 (OsFbox128)
-
identity=58.1; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF13516 (LRR_6); PF25372 (LRR_FBXL15)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989244

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769179.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769179.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769179.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769179.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057769179.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:35121150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr6:35122537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr6:35122557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr6:35122681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B24,B30
Chr6:35122786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B2,B8,C2,D4
Chr6:35122829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr6:35123042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B10,B101,B140,C26
Chr6:35123171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr6:35123626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr6:35123706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr6:35123844 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D3
Chr6:35123844 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769179.1
661 aa
N
1
330
661
F-box
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_6
C
PF00646 F-box 15-49 aa PF25372 LRR_FBXL15 61-598 aa PF13516 LRR_6 394-417 aa PF13516 LRR_6 420-440 aa
XP_057769180.1
494 aa
N
1
247
494
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_6
C
PF25372 LRR_FBXL15 30-431 aa PF13516 LRR_6 227-250 aa PF13516 LRR_6 253-273 aa
XP_057769181.1
494 aa
N
1
247
494
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_6
C
PF25372 LRR_FBXL15 30-431 aa PF13516 LRR_6 227-250 aa PF13516 LRR_6 253-273 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769179.1 Pfam PF00646 F-box Domain 15 49 0.00022 21.7 F-box domain
XP_057769179.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 61 598 4.8e-120 402.2 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057769179.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 394 417 4.9e-09 36.3 Leucine Rich repeat
XP_057769179.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 420 440 4.9e-09 36.3 Leucine Rich repeat
XP_057769180.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 30 431 1.6e-99 334.5 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057769180.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 227 250 4.3e-08 33.3 Leucine Rich repeat
XP_057769180.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 253 273 4.3e-08 33.3 Leucine Rich repeat
XP_057769181.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 30 431 1.6e-99 334.5 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057769181.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 227 250 4.3e-08 33.3 Leucine Rich repeat
XP_057769181.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 253 273 4.3e-08 33.3 Leucine Rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913196.1
AAGCATCAAACTGAACAGAACGGGACACCCCATTCTTACATTTCGTGCCCCCATCAACTAACAACCCTTTCTTCCTCCGAGAGAGAGAGAATGGCAGCTCCATCCCGCAATCCAAGGCCGGGAATTCAGGGGCTGGATCAACTCCCCGCAGCCCTAATCGCGACGATCATGACGAAGCTCGACGTCCCCTCCATCCTATCACTGGCCTCCACGTGTAAGGCCTGCCGCTCCTGCGCCGCCGAAATCCTCTCTTTCCTCCC...
XM_057913198.1
GGTGGATTGCACGCGCCTCGACGATTCGTCGCTAGGCTTTCTCCTCCACCCTTCGTTGCAGGAGCTCTGCCTCCGGAATTGCGCTGATTTCAGCGGCAGGCTTTTGTCTGAGCTCGGGCGCAGTTGCAAGGATCTTAGACATTGATCCTGATGTTTGATGTCTCCATATTTCTGCGTCATAGTTTTGCTCGTGTGTGGGCTCTGGCCTCGTCAAAACTCATTTCTCTCGAGATTGAGTATATTTCCTCAGTAATGGTGAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130989244
ATGGCAGCTCCATCCCGCAATCCAAGGCCGGGAATTCAGGGGCTGGATCAACTCCCCGCAGCCCTAATCGCGACGATCATGACGAAGCTCGACGTCCCCTCCATCCTATCACTGGCCTCCACGTGTAAGGCCTGCCGCTCCTGCGCCGCCGAAATCCTCTCTTTCCTCCCCAATTTCCATCTCCCAGATATTGCGCCTTCGATGGATTTATTGAGTCCGCTGCTGCCGCCGAGCAACCCCTACCTGCGTAGCTTGAAGGT...
LOC130989244
ATGTTTGATGTCTCCATATTTCTGCGTCATAGTTTTGCTCGTGTGTGGGCTCTGGCCTCGTCAAAACTCATTTCTCTCGAGATTGAGTATATTTCCTCAGTAATGGTGACAGAACTGCTTAGCCCTGCTGTGGGACCCCACCAGTCATCAAGTCATCCCTGGCCATCCATATTGCCTAATTTGCAGAAGTTATGCCTTTCTGTGGACTATATTACTGACACCATGGTGAGCACGATATCTAAATGTCTTGTCTCCTTGAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057769179.1
MAAPSRNPRPGIQGLDQLPAALIATIMTKLDVPSILSLASTCKACRSCAAEILSFLPNFHLPDIAPSMDLLSPLLPPSNPYLRSLKVDCTRLDDSSLGFLLHPSLQELCLRNCADFSGRLLSELGRSCKDLRFLYLSSVAEKRGRSVDVLHLEEMLTGCTQLETLILMFDVSIFLRHSFARVWALASSKLISLEIEYISSVMVTELLSPAVGPHQSSSHPWPSILPNLQKLCLSVDYITDTMVSTISKCLVSLTHLDLRD...
XP_057769180.1
MFDVSIFLRHSFARVWALASSKLISLEIEYISSVMVTELLSPAVGPHQSSSHPWPSILPNLQKLCLSVDYITDTMVSTISKCLVSLTHLDLRDIPIMEPRMAFDLTNNGLQQINAHGKLKHLCLVRSQEIAPTFFKRVNDLGILLMADKCSAMESICLGGFCQVTDTGYKTLLHSCSKLYILRVFHGTHLTDLVFHDIAATSRSMTHVSLRWCNLLTNLAVTRLASNADLSTLDLRDCRNLGDEALRAISTLPKLKTLLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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