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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002461

染色体: Chr06 坐标: 35428240-35431177 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002461
名称SmilChr06G002461
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g35130, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向35428240 - 35431177 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989262
GeneID130989262
locus_tag-
NCBI NameLOC130989262
原始查询SmilChr06G002461

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g35130, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g35130%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G35130 (AT4G35130)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829665]
identity=52.9; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0112000
-
identity=38.9; qcov=0.873; evalue=1.79e-154; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989262

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057769201.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057769201.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769201.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769201.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769201.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:35428509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C26
Chr6:35428601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr6:35428626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B66,B98
Chr6:35428681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B66,B98
Chr6:35429087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B90,B92
Chr6:35429144 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr6:35429303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C37
Chr6:35429510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr6:35429588 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr6:35429613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B66,B98
Chr6:35429808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B62
Chr6:35429874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769201.1
801 aa
N
1
400
801
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 72-90 aa PF13041 PPR_2 93-139 aa PF01535 PPR 95-124 aa PF13812 PPR_3 153-186 aa PF01535 PPR 162-189 aa PF01535 PPR 192-222 aa PF01535 PPR 293-321 aa PF01535 PPR 368-394 aa PF01535 PPR 396-421 aa PF01535 PPR 469-492 aa PF13041 PPR_2 495-541 aa PF01535 PPR 497-526 aa PF01535 PPR 533-560 aa PF01535 PPR 569-593 aa PF20431 E_motif 612-673 aa PF01535 PPR 636-664 aa PF14432 DYW_deaminase 731-801 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 72 90 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 93 139 6.3e-55 183.8 PPR repeat family
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 95 124 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 153 186 1.4e-24 86.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 162 189 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 192 222 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 293 321 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 368 394 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 396 421 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 469 492 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 495 541 6.3e-55 183.8 PPR repeat family
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 497 526 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 533 560 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 569 593 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 612 673 3.6e-18 66.3 E motif
XP_057769201.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 636 664 1.7e-60 197.8 PPR repeat
XP_057769201.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 731 801 5.5e-25 87.7 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913218.1
TAAATAGTCAGCATTTCGTTTATTTTCCGACAAAAATTTCGTCAAAATCGAAGAAAGAAATAAGAAATTGCAAGAATGTCAGCTGAAACAAAAAATATTCCAAGAATGCCAGTAACTGAAATAACGGTCTCTCTATCAAATCCAATCCCTACGTCGAAAATTTTCTGCTAACGAGTCCGCGAAAATGGCTAAAGAATCGCTAAATCTCCGCCTCCAAATCGCACCTCCCATCTCAGAACACAGATATTTTCCCGCAATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989262
ATGGCTAAAGAATCGCTAAATCTCCGCCTCCAAATCGCACCTCCCATCTCAGAACACAGATATTTTCCCGCAATAATCCAAGCTTCAAAAAAATCCCCAAATCATGAGCTTCGAATCAGATACCATAATTCGAGGAAAAGCACCACCTCCGCAAGTAGAAGGGAGTTTAGGAGTGTCGAGGGTTCGATCTTGTCGATTAAAAGACTGCTTTATTATGTGAACAATGGTTGTTTGGAAACTGCACTCCAACTGTTCGACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769201.1
MAKESLNLRLQIAPPISEHRYFPAIIQASKKSPNHELRIRYHNSRKSTTSASRREFRSVEGSILSIKRLLYYVNNGCLETALQLFDKMGKSKTFVWNVMIRGLVDSGLFQEAIEMYYQMRIEGIEADNFTFPFVIKACVGLKEGKNVHSTVIKLGFDLDIYVCNALIVMYAKVGCVEDSERVFERMPVRDLVSWNSMVSVYVLVGDGWSSLMCFKKMQRVGVGLDRISCISALGACVLEHRLLSGKEIFCQVLKNGLELH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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