Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002469`

染色体: Chr06 坐标: 35501701-35502813 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002469`
名称	SmilChr06G002469
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	35501701 - 35502813 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990829`
GeneID	`130990829`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990829`
原始查询	`SmilChr06G002469`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=27.3; qcov=1.07; evalue=5.54e-35; confidence=low
Rice	`Os11g0681300` - identity=28; qcov=1.08; evalue=3.22e-35; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990829

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771046.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057771046.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771046.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771046.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771046.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:35501854`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,B32
`Chr6:35501997`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	A21,B82,C87,D4
`Chr6:35501997`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	A21,B82,C87,D4
`Chr6:35501998`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B82,C87,D4
`Chr6:35502009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B77,B92,C41,C7
`Chr6:35502023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B47,C61
`Chr6:35502023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C61
`Chr6:35502067`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,A20,B103
`Chr6:35502324`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr6:35502352`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,C19
`Chr6:35502425`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B48,C28,C39
`Chr6:35502426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B140,B15,C21,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771046.1

267 aa

134

267

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 76-184 aa PF10551 MULE 104-194 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771046.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	76	184	1.1e-09	39.0	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057771046.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	104	194	1.1e-23	84.2	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915063.1
ATGGTTCCAGAAGCTACACGACATTTGATGAACAACAACAGGAATGTTGATGAATTCCAACAAATGTTTATCATTTCAGCTGCAAAAGCTAATATTGGCTCAATGCGTGCGTTCCGATTTTTCAGAGAGATTGTAGGCGATTATAAATCAGTTGGATGTACCGGCAACAACTTCAAGAACTTTGTAAGGGACCTGAAGTTAGGGGATGGATTTAAGTTTTTTCATGAGGTAGATGATGAAAAAAAATTGTGTCGCATTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990829
ATGGTTCCAGAAGCTACACGACATTTGATGAACAACAACAGGAATGTTGATGAATTCCAACAAATGTTTATCATTTCAGCTGCAAAAGCTAATATTGGCTCAATGCGTGCGTTCCGATTTTTCAGAGAGATTGTAGGCGATTATAAATCAGTTGGATGTACCGGCAACAACTTCAAGAACTTTGTAAGGGACCTGAAGTTAGGGGATGGATTTAAGTTTTTTCATGAGGTAGATGATGAAAAAAAATTGTGTCGCATTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771046.1
MVPEATRHLMNNNRNVDEFQQMFIISAAKANIGSMRAFRFFREIVGDYKSVGCTGNNFKNFVRDLKLGDGFKFFHEVDDEKKLCRIIWADDVSVKNYKLFGEAVSFDATYNTNRYNFIFTHFTGKDNHGRCISFAVALFNHEDSESYTWVLEKFELVMGNAPRIVITDQDPGLKKVVASTWKETRHRFCMWHINIKVAEKVPQRLRDDTDFKLAYDRVVWNDNDEPQVFEENWNNPMEEYDLTSTKWFSDMYQDRSMWIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器