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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002479

染色体: Chr06 坐标: 35609604-35613819 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002479
名称SmilChr06G002479
描述protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向35609604 - 35613819 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989278
GeneID130989278
locus_tag-
NCBI NameLOC130989278
原始查询SmilChr06G002479

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like
产物protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like
ArabidopsisAT4G39790 (AT4G39790)
bZIP transcription factor, putative (DUF630 and DUF632) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830137]
identity=30.1; qcov=0.898; evalue=1.99e-63; confidence=low
RiceOs09g0542500
-
identity=49.4; qcov=0.759; evalue=2.72e-167; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04782 (DUF632); PF04783 (DUF630)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989278

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057769217.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057769217.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057769217.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769217.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769217.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:35609979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C59
Chr6:35610015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:35610025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:35610203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C85
Chr6:35610277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:35610280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C85
Chr6:35610305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C85
Chr6:35610376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:35610463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr6:35610657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B108,B46,C36
Chr6:35611080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr6:35611172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769217.1
715 aa
N
1
358
715
DUF630
DUF632
C
PF04783 DUF630 1-60 aa PF04782 DUF632 255-577 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769217.1 Pfam PF04783 DUF630 Family 1 60 5.9e-22 78.3 Protein of unknown function (DUF630)
XP_057769217.1 Pfam PF04782 DUF632 Family 255 577 4.6e-108 362.0 Protein of unknown function (DUF632)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913234.1
GCCTTTTTACTTGTTTGGAACAAATTTGACTCCTCTTTTCTCTCACTAGTCAGCACCATCTGTCTCTTTGTGAAAAATCTCTGATGCATTTGCAGCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATAGGTTGTATTCCACACTCTTAAATTTTTCCTATTAATTTAAGTATGGAACAACAACGAATCGTACACAAACTTACATTACCAAAGCCAAAGAAATGCCATCATCTCTTCCTCGAGCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989278
ATGGGGTGCGTAGCATCAAGATTGGAGGAGGAAGAGGAGGTAGTCTCAATTTGTAGAGAGAGAAAGCGGCAGCTCAAGCTGGCTGTAGAGAGAAGGTATGCCCTAGCAGATGCTCACTACAGATACTGCAAATCATTATCTGGTGTCTCAGCAGCCATAAACCTCTTTGTCACACGCCATTCTTCACCAAATGCACCATACTACATCACATTCCCTCCTCACTCTCCCACAAAAGAAAAAGTGGTTTCAAACCCTCTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769217.1
MGCVASRLEEEEEVVSICRERKRQLKLAVERRYALADAHYRYCKSLSGVSAAINLFVTRHSSPNAPYYITFPPHSPTKEKVVSNPLFLQQAPSEPTKQTINACDSCSSSSISSVSSEEEEREKQAGEEKCSYFYMDMPLPQTQTQTTMAMASPQRDFGWDFFNPFNNVARPEMMSVYNRMSEEEVRAVREQEGIPDLEDEEGERMGGEREGETANVEEEKGHEIETVKAVEMERENGEKEKGLSVVDKQVEGRELLEALK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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