当前解析结果
SmilChr06G002479| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002479 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002479 |
| 描述 | protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 35609604 - 35613819 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989278 |
|---|---|
| GeneID | 130989278 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989278 |
| 原始查询 | SmilChr06G002479 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like |
| 产物 | protein ALTERED PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 1-like |
| Arabidopsis | AT4G39790 (AT4G39790)bZIP transcription factor, putative (DUF630 and DUF632) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830137] identity=30.1; qcov=0.898; evalue=1.99e-63; confidence=low |
| Rice | Os09g0542500- identity=49.4; qcov=0.759; evalue=2.72e-167; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04782 (DUF632); PF04783 (DUF630) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989278 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057769217.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057769217.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057769217.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769217.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769217.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:35609979 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C59 |
Chr6:35610015 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B45 |
Chr6:35610025 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:35610203 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B34,C85 |
Chr6:35610277 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:35610280 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B34,C85 |
Chr6:35610305 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B34,C85 |
Chr6:35610376 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:35610463 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr6:35610657 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B108,B46,C36 |
Chr6:35611080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C86 |
Chr6:35611172 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769217.1PF04783
DUF630 1-60 aa
PF04782
DUF632 255-577 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769217.1 |
Pfam | PF04783 |
DUF630 | Family | 1 | 60 | 5.9e-22 | 78.3 | Protein of unknown function (DUF630) |
XP_057769217.1 |
Pfam | PF04782 |
DUF632 | Family | 255 | 577 | 4.6e-108 | 362.0 | Protein of unknown function (DUF632) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。