当前解析结果
SmilChr06G002494| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002494 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002494 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002494 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 35821989 - 35824349 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989291 |
|---|---|
| GeneID | 130989291 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989291 |
| 原始查询 | SmilChr06G002494 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os09g0541500; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os09g0541500; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G20930 (AT2G20930)SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816627] identity=83.5; qcov=0.946; evalue=5.54e-84; confidence=high |
| Rice | Os09g0541500- identity=81.8; qcov=0.932; evalue=4.87e-85; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0030008 (TRAPP complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04099 (Sybindin); PF04628 (Sedlin_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989291 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057769233.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.80000 | XP_057769233.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057769233.1 |
| 4 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.60000 | XP_057769233.1 |
| 5 | Vesicle | 囊泡 | 0.60000 | XP_057769233.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769233.1PF04628
Sedlin_N 11-139 aa
PF04099
Sybindin 27-140 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769233.1 |
Pfam | PF04628 |
Sedlin_N | Family | 11 | 139 | 5.4e-35 | 121.1 | Sedlin |
XP_057769233.1 |
Pfam | PF04099 |
Sybindin | Family | 27 | 140 | 1.4e-06 | 29.1 | Sybindin-like family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。