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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002504

染色体: Chr06 坐标: 35924942-35925994 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002504
名称SmilChr06G002504
描述uncharacterized SmilChr06G002504
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向35924942 - 35925994 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989302
GeneID130989302
locus_tag-
NCBI NameLOC130989302
原始查询SmilChr06G002504

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF12776 (Myb_DNA-bind_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769245.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769245.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769245.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769245.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057769245.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:35924988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B139,B32,C4
Chr6:35924993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B47,B64,B66,B98
Chr6:35924999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C87
Chr6:35925000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B62
Chr6:35925008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B62
Chr6:35925040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C46,C49
Chr6:35925067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C85
Chr6:35925081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B85,B94,C51,C74
Chr6:35925094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr6:35925134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr6:35925157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:35925165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769245.1
254 aa
N
1
127
254
Myb_DNA-bind_3
C
PF12776 Myb_DNA-bind_3 17-110 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769245.1 Pfam PF12776 Myb_DNA-bind_3 Domain 17 110 3.9e-10 41.3 Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913262.1
TTCAAAGCTCTACAAAACTCTTTTTTTTTCTTCCCACAATGACCTTCCCCCCAAAAGGGTCGCAAGCCTTATACCTATATCCTCTCAAATGGGATTCGGACAAGGATAAATTGCTTATCTCTTGCCTTATAGAAAAAATCGATGAGTGCAACCCATCTCCACCACATCTATCTCCACACGCACTAATCCATGCGATGAAGTCGCTAAACTCGCAACTCCAAGCCGGTGTCAACCTAAATGAAGTGGAAGGGCGAGTTGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989302
ATGACCTTCCCCCCAAAAGGGTCGCAAGCCTTATACCTATATCCTCTCAAATGGGATTCGGACAAGGATAAATTGCTTATCTCTTGCCTTATAGAAAAAATCGATGAGTGCAACCCATCTCCACCACATCTATCTCCACACGCACTAATCCATGCGATGAAGTCGCTAAACTCGCAACTCCAAGCCGGTGTCAACCTAAATGAAGTGGAAGGGCGAGTTGCCTTTCTTCACGATCGCTATGTATGCTTCAAGTATCTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769245.1
MTFPPKGSQALYLYPLKWDSDKDKLLISCLIEKIDECNPSPPHLSPHALIHAMKSLNSQLQAGVNLNEVEGRVAFLHDRYVCFKYLSNLPETQWDQGSNVVHAADEVWSRLFKENAFFRAYYHNGEPELYQMCNLFGIHDVKRELSHTVIVIEDSSIVKKEYDSSDDEVTSPILKPPASRKLFADDASSSIAPIVPSGSKIKATVPWKSIKNKFRRPPTNICAATNAFNKKVKDDRDPDAGYGGSSCASSSPFK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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