当前解析结果
SmilChr06G002515| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002515 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002515 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002515 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 36051862 - 36052446 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990838 |
|---|---|
| GeneID | 130990838 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990838 |
| 原始查询 | SmilChr06G002515 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=34.2; qcov=0.948; evalue=1.03e-34; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990838 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771054.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057771054.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771054.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771054.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057771054.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:36051934 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B26 |
Chr6:36052001 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,B67,C45,C64 |
Chr6:36052078 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr6:36052122 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 124 | A1,A10,A11,A13,A22,A24,A4,A6,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B12,B120,B123,B126,B127,B13,B137,B139,B14,B140,B15,B16,B19,B22,B23,B25,B26,B27,B3,B30,B35,B38,B46,B47,B48,B5,B51,B53,B54,B55,B56,B65,B66,B68,B7,B72,B74,B76,B77,B8,B82,B83,B85,B86,B87,B9,B91,B92,B93,B96,C10,C13,C15,C17,C20,C21,C22,C25,C27,C29,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C39,C41,C42,C45,C47,C5,C50,C52,C53,C54,C55,C6,C60,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C76,C77,C79,C8,C82,C85,C9,D2,D4,D6,D7,D8 |
Chr6:36052233 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 83 | A10,A14,A22,A23,A24,A25,A6,A7,A8,A9,B105,B109,B112,B117,B122,B124,B128,B129,B132,B134,B135,B137,B23,B26,B28,B3,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B44,B45,B51,B54,B57,B59,B62,B63,B65,B7,B72,B73,B74,B76,B78,B81,B85,B86,B87,B88,B89,B91,B94,B98,C15,C18,C24,C25,C33,C35,C37,C38,C4,C43,C48,C5,C51,C53,C56,C6,C60,C61,C64,C66,C70,C76,C80,C86,D2,D4,D5 |
Chr6:36052238 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 38 | A14,A25,A5,A8,B103,B106,B109,B110,B129,B22,B34,B4,B40,B50,B58,B59,B60,B63,B75,B78,B86,C1,C17,C2,C23,C25,C28,C33,C37,C38,C39,C40,C43,C46,C6,C65,C70,C76 |
Chr6:36052286 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr6:36052302 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B131,B21 |
Chr6:36052302 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B131,B21 |
Chr6:36052309 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B66,D1 |
Chr6:36052309 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B66,D1 |
Chr6:36052325 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B117,B77,B8 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。