当前解析结果
SmilChr06G002517| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002517 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002517 |
| 描述 | L-ascorbate peroxidase 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 36064995 - 36069261 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989314 |
|---|---|
| GeneID | 130989314 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989314 |
| 原始查询 | SmilChr06G002517 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | L-ascorbate peroxidase 3 |
| 产物 | L-ascorbate peroxidase 3 |
| Arabidopsis | AT4G35000 (APX3)ascorbate peroxidase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829652] identity=80.5; qcov=1; evalue=1.98e-162; confidence=high |
| Rice | Os08g0549100 (OsAPx4)- identity=75.9; qcov=1.02; evalue=5.12e-154; confidence=high |
| GO | GO:0000302 (response to reactive oxygen species); GO:0004601 (peroxidase activity); GO:0020037 (heme binding); GO:0034599 (cellular response to oxidative stress); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process) |
| KEGG | smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00141 (peroxidase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989314 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion intermembrane space | Mitochondrion intermembrane space | 0.60000 | XP_057769258.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.40000 | XP_057769258.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.40000 | XP_057769258.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057769258.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769258.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:36067698 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A9,B113,B54,B71,C46 |
Chr6:36067747 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B64,B66,B98 |
Chr6:36068905 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B64,B66,B98 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769258.1PF00141
peroxidase 19-224 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769258.1 |
Pfam | PF00141 |
peroxidase | Domain | 19 | 224 | 5.9e-48 | 164.4 | Peroxidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。