当前解析结果
SmilChr06G002520| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002520 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002520 |
| 描述 | protein EARLY-RESPONSIVE TO DEHYDRATION 7, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 36148314 - 36151013 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989317 |
|---|---|
| GeneID | 130989317 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989317 |
| 原始查询 | SmilChr06G002520 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein EARLY-RESPONSIVE TO DEHYDRATION 7, chloroplastic-like |
| 产物 | protein EARLY-RESPONSIVE TO DEHYDRATION 7%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT2G17840 (ERD7)Senescence/dehydration-associated protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816293] identity=56.5; qcov=1.03; evalue=3.53e-149; confidence=high |
| Rice | Os03g0241900- identity=45.5; qcov=1.07; evalue=5.9e-112; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF06911 (Senescence) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989317 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057769261.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057769261.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057769261.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769261.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769261.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:36148559 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B64,B66,B98 |
Chr6:36148622 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr6:36148690 |
ATC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C30 |
Chr6:36148690 |
ATC |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr6:36148822 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,B64,B66,B98,C36 |
Chr6:36148875 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr6:36149137 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr6:36149143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B64,B66,B98 |
Chr6:36149187 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr6:36149830 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B27,B38,B39,B51,C55 |
Chr6:36150057 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr6:36150070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769261.1PF06911
Senescence 244-431 aa
XP_057769262.1PF06911
Senescence 244-381 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769261.1 |
Pfam | PF06911 |
Senescence | Family | 244 | 431 | 3e-48 | 164.9 | Senescence domain |
XP_057769262.1 |
Pfam | PF06911 |
Senescence | Family | 244 | 381 | 3.5e-33 | 115.8 | Senescence domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。