当前解析结果
SmilChr06G002522| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002522 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002522 |
| 描述 | actin-depolymerizing factor 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 36188648 - 36191109 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989319 |
|---|---|
| GeneID | 130989319 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989319 |
| 原始查询 | SmilChr06G002522 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | actin-depolymerizing factor 5-like |
| 产物 | actin-depolymerizing factor 5-like |
| Arabidopsis | AT2G16700 (ADF5)actin depolymerizing factor 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816171] identity=79.7; qcov=1; evalue=2.98e-84; confidence=high |
| Rice | Os03g0243100 (OsADF5)- identity=73.4; qcov=1; evalue=5.78e-79; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0015629 (actin cytoskeleton); GO:0030042 (actin filament depolymerization); GO:0051015 (actin filament binding); GO:0051017 (actin filament bundle assembly) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00241 (Cofilin_ADF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989319 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057769264.1 |
| 2 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.80000 | XP_057769265.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057769264.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057769264.1 |
| 5 | Cell projection | 细胞突起 | 0.40000 | XP_057769265.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:36188962 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B38 |
Chr6:36188962 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B38 |
Chr6:36190373 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C77 |
Chr6:36190373 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr6:36190564 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr6:36190577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr6:36190658 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,A20,B103,B51 |
Chr6:36190778 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B14,B59,B78 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769264.1PF00241
Cofilin_ADF 12-95 aa
XP_057769265.1PF00241
Cofilin_ADF 12-143 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769264.1 |
Pfam | PF00241 |
Cofilin_ADF | Domain | 12 | 95 | 3e-21 | 76.2 | Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein |
XP_057769265.1 |
Pfam | PF00241 |
Cofilin_ADF | Domain | 12 | 143 | 4.1e-40 | 137.2 | Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。