Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002522

染色体: Chr06 坐标: 36188648-36191109 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002522
名称SmilChr06G002522
描述actin-depolymerizing factor 5-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向36188648 - 36191109 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989319
GeneID130989319
locus_tag-
NCBI NameLOC130989319
原始查询SmilChr06G002522

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述actin-depolymerizing factor 5-like
产物actin-depolymerizing factor 5-like
ArabidopsisAT2G16700 (ADF5)
actin depolymerizing factor 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816171]
identity=79.7; qcov=1; evalue=2.98e-84; confidence=high
RiceOs03g0243100 (OsADF5)
-
identity=73.4; qcov=1; evalue=5.78e-79; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0015629 (actin cytoskeleton); GO:0030042 (actin filament depolymerization); GO:0051015 (actin filament binding); GO:0051017 (actin filament bundle assembly)
KEGG-
PfamPF00241 (Cofilin_ADF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989319

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057769264.1
2 Cytoskeleton 细胞骨架 0.80000 XP_057769265.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057769264.1
4 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057769264.1
5 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057769265.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:36188962 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B38
Chr6:36188962 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B38
Chr6:36190373 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C77
Chr6:36190373 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 C77
Chr6:36190564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr6:36190577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr6:36190658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A20,B103,B51
Chr6:36190778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B59,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769264.1
150 aa
N
1
75
150
Cofilin_ADF
C
PF00241 Cofilin_ADF 12-95 aa
XP_057769265.1
143 aa
N
1
72
143
Cofilin_ADF
C
PF00241 Cofilin_ADF 12-143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769264.1 Pfam PF00241 Cofilin_ADF Domain 12 95 3e-21 76.2 Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein
XP_057769265.1 Pfam PF00241 Cofilin_ADF Domain 12 143 4.1e-40 137.2 Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913282.1
TCATAAACTTACTACTTTCCTCATCATCCCAACTCACATATTTTTCATAATCTTTTTTGCTACTGAAAAAATTGACATCTCAACTTGTAACAAACTCTCTCATGGCGATGGCTTTCAAGATGGCGATGACGGGAATGTGGGTGACTGAAGAATGCAAGAACTCGTTCATGGAGATGAAGTGGAAGAAGGAGCATAGATACATAGTGTTCAAATTCGATGAGGGCTCGAAGAAGCTCACCGTCGACAAGGTCGGCGGTCCC...
XM_057913281.1
TCATAAACTTACTACTTTCCTCATCATCCCAACTCACATATTTTTCATAATCTTTTTTGCTACTGAAAAAATTGACATCTCAACTTGTAACAAACTCTCTCATGGCGATGGCTTTCAAGATGGCGATGACGGGAATGTGGGTGACTGAAGAATGCAAGAACTCGTTCATGGAGATGAAGTGGAAGAAGGAGCATAGATACATAGTGTTCAAATTCGATGAGGGCTCGAAGAAGCTCACCGTCGACAAGGTCGGCGGTCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989319
ATGGCGATGGCTTTCAAGATGGCGATGACGGGAATGTGGGTGACTGAAGAATGCAAGAACTCGTTCATGGAGATGAAGTGGAAGAAGGAGCATAGATACATAGTGTTCAAATTCGATGAGGGCTCGAAGAAGCTCACCGTCGACAAGGTCGGCGGTCCCGCCGAGGGCTACGACGACCTCGCGGCGGCGCTGCCAGAGGACGACTGCCGCTACGCCGTCTTCGACTTCGACTTTGTCACCGTCGATAATTGCCGGAAGAG...
LOC130989319
ATGGCGATGGCTTTCAAGATGGCGATGACGGGAATGTGGGTGACTGAAGAATGCAAGAACTCGTTCATGGAGATGAAGTGGAAGAAGGAGCATAGATACATAGTGTTCAAATTCGATGAGGGCTCGAAGAAGCTCACCGTCGACAAGGTCGGCGGTCCCGCCGAGGGCTACGACGACCTCGCGGCGGCGCTGCCAGAGGACGACTGCCGCTACGCCGTCTTCGACTTCGACTTTGTCACCGTCGATAATTGCCGGAAGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769264.1
MAMAFKMAMTGMWVTEECKNSFMEMKWKKEHRYIVFKFDEGSKKLTVDKVGGPAEGYDDLAAALPEDDCRYAVFDFDFVTVDNCRKSKIFFIAWSIPFSLTIIFLQLVLFFILSFSIFYFIIARHPYHIIKHVSHSPKVSMVIWISLKSR
XP_057769265.1
MAMAFKMAMTGMWVTEECKNSFMEMKWKKEHRYIVFKFDEGSKKLTVDKVGGPAEGYDDLAAALPEDDCRYAVFDFDFVTVDNCRKSKIFFIAWAPSASRIRAKMLYATSKDGLRRALEGIHYEVQATDPTEMGFDVIKDRVK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器