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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002537

染色体: Chr06 坐标: 36398476-36400645 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002537
名称SmilChr06G002537
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g21090
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向36398476 - 36400645 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989334
GeneID130989334
locus_tag-
NCBI NameLOC130989334
原始查询SmilChr06G002537

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g21090
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g21090
ArabidopsisAT2G21090 (AT2G21090)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816644]
identity=52.4; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0775400
-
identity=33.7; qcov=0.933; evalue=9.44e-117; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989334

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769278.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769278.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769278.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769278.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769278.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:36398902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C45,C5,C52
Chr6:36398926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C45,C5,C52
Chr6:36399177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C45,C5,C52
Chr6:36399329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C45,C5,C52
Chr6:36399347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr6:36399823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:36400141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:36400289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:36400340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B12,C86
Chr6:36400411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:36400414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr6:36400420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769278.1
595 aa
N
1
298
595
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 84-110 aa PF01535 PPR 112-141 aa PF01535 PPR 143-173 aa PF01535 PPR 216-242 aa PF01535 PPR 245-273 aa PF13041 PPR_2 273-320 aa PF01535 PPR 275-304 aa PF01535 PPR 345-368 aa PF13041 PPR_2 376-422 aa PF01535 PPR 377-407 aa PF13812 PPR_3 397-458 aa PF01535 PPR 412-439 aa PF20431 E_motif 492-554 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769278.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 84 110 3.6e-69 225.0 PPR repeat
XP_057769278.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 112 141 3.6e-69 225.0 PPR repeat
XP_057769278.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 143 173 3.6e-69 225.0 PPR repeat
XP_057769278.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 216 242 3.6e-69 225.0 PPR repeat
XP_057769278.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 245 273 3.6e-69 225.0 PPR repeat
XP_057769278.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 273 320 2.8e-67 223.3 PPR repeat family
XP_057769278.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 275 304 3.6e-69 225.0 PPR repeat
XP_057769278.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 345 368 3.6e-69 225.0 PPR repeat
XP_057769278.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 376 422 2.8e-67 223.3 PPR repeat family
XP_057769278.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 377 407 3.6e-69 225.0 PPR repeat
XP_057769278.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 397 458 2.4e-30 105.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769278.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 412 439 3.6e-69 225.0 PPR repeat
XP_057769278.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 492 554 9.2e-12 45.8 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913295.1
TGAAGTCCAAAAATAGAAAAAGACAGTGAATTATTACCCTTTTACTACCGGTCTAAATTCAACCGGAGATCACGGCGCCACCACCGATCTCACGGCGGCGATGCTCGCCGGAGCTCTATGAACCCCCCAAAATTCCGAAAGTATCCCTGCGTCGTTCAGAATTTCCTCAATCTCGCATCGCGCGGCAAGCTCCGCGAAGCAGTTGACGCCCTGCCCCAGTTATCCCGCAGAGGCGTTTTGCTCAACTCCAAAATCATCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989334
ATGAACCCCCCAAAATTCCGAAAGTATCCCTGCGTCGTTCAGAATTTCCTCAATCTCGCATCGCGCGGCAAGCTCCGCGAAGCAGTTGACGCCCTGCCCCAGTTATCCCGCAGAGGCGTTTTGCTCAACTCCAAAATCATCGCATCTCTCCTGCGGAAAATTGCCGATGCGAAGTCGATCAAGGAGGGGAAGCTGGTCCACCTCCATTTGAAGCAGACGGGATCGAAGCACCCAAACACGTTCCTCGCCAATCATTTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769278.1
MNPPKFRKYPCVVQNFLNLASRGKLREAVDALPQLSRRGVLLNSKIIASLLRKIADAKSIKEGKLVHLHLKQTGSKHPNTFLANHLIEMYAKCGDHSRAREVFDKMRDRNLYSWNNMLSGYAKLGMAKAARKLFDKMPERDFVSWNTMVMAYVQIERFEEAVSCYVELRRSDCGYNGYSFAGVLTACVKLRALWLARQLHCQVLVIGFLSNSILSSSVVDAYAKCGEMGDGRRLFDAMEWRDVLAWTTLLSGYAKLGDMK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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