Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002543`

染色体: Chr06 坐标: 36489169-36489891 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002543`
名称	SmilChr06G002543
描述	secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	36489169 - 36489891 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990845`
GeneID	`130990845`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990845`
原始查询	`SmilChr06G002543`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	secreted RxLR effector protein 161-like
产物	secreted RxLR effector protein 161-like
Arabidopsis	`AT4G23160` (CRK8) cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=46.2; qcov=0.821; evalue=4.5e-56; confidence=high
Rice	`gene-orf490` (orf490) - identity=50.2; qcov=0.921; evalue=1.72e-77; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990845

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771060.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057771060.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771060.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771060.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771060.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:36489186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C51,C74
`Chr6:36489217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr6:36489260`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B57,B90,B92
`Chr6:36489266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B64,B66,B98
`Chr6:36489273`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C59
`Chr6:36489309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	A18,A21,B12,B2,B28,B32,B79,B82,C18,C37,C73,C86,C87,D4,D5
`Chr6:36489359`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B83,C59,D11
`Chr6:36489405`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	47	B104,B106,B11,B118,B124,B13,B135,B138,B140,B15,B18,B24,B29,B35,B37,B41,B47,B56,B63,B65,B67,B73,B76,B89,B96,B98,C13,C19,C22,C3,C36,C40,C44,C49,C51,C60,C61,C63,C71,C74,C77,C80,C9,D11,D6,D7,D8
`Chr6:36489454`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A11,A24,B102,B20,B35,B46,B53,B66,B94,C33,C42,C58
`Chr6:36489489`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	33	A11,A19,A2,A24,B102,B103,B109,B119,B122,B17,B20,B29,B35,B36,B4,B46,B53,B56,B66,B69,B73,B74,B81,B94,C28,C33,C35,C39,C42,C56,C58,C75,C85
`Chr6:36489515`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B131,B83,C59,D11
`Chr6:36489515`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B131,B83,C59,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915077.1
ATGACTCCTGCCACCAAGCTTTCAAAATCTGATGGGGTCCCCTTTGATGACCCTACCCTTTACAGAAGTACTATCGGTGCTTTGCAATATTTGACACTAACAAGGCCGGACATTGCCTTCAGTGTAAACAAACTGAGTCAGTTTCTCACCTCTCCCTCTCTTGTTCACTGGAATGCTTGCAAACATCTGCTGCGTTATCTAAAAGGAATAACTCATCTCAAGCTTCAATTCCAGCCTTCTTCTTCATCCATGATTGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990845
ATGACTCCTGCCACCAAGCTTTCAAAATCTGATGGGGTCCCCTTTGATGACCCTACCCTTTACAGAAGTACTATCGGTGCTTTGCAATATTTGACACTAACAAGGCCGGACATTGCCTTCAGTGTAAACAAACTGAGTCAGTTTCTCACCTCTCCCTCTCTTGTTCACTGGAATGCTTGCAAACATCTGCTGCGTTATCTAAAAGGAATAACTCATCTCAAGCTTCAATTCCAGCCTTCTTCTTCATCCATGATTGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771060.1
MTPATKLSKSDGVPFDDPTLYRSTIGALQYLTLTRPDIAFSVNKLSQFLTSPSLVHWNACKHLLRYLKGITHLKLQFQPSSSSMIEGYSDAEWESCPDDRRSTGGHCIFLGSNLVTWSAKKQEVVSCSNAESEYRSMANATTDIVWLKSLCAELSLSLHSPHRLWCDNASALALANNPVFHARTKHIEVDVHYIQEKISDNTIEVGHVPSSDQIVDVFTKPLAEPRFCLLRDRLNLVGSG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器