当前解析结果
SmilChr06G002545| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002545 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002545 |
| 描述 | dirigent protein 11-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 36513644 - 36514598 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989339 |
|---|---|
| GeneID | 130989339 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989339 |
| 原始查询 | SmilChr06G002545 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 11-like |
| 产物 | dirigent protein 11-like |
| Arabidopsis | AT1G22900 (AT1G22900)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838897] identity=45.6; qcov=0.7; evalue=1.04e-37; confidence=medium |
| Rice | Os11g0180000- identity=38.6; qcov=0.765; evalue=3.16e-35; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989339 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057769283.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057769283.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769283.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769283.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769283.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:36513828 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B65 |
Chr6:36513828 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr6:36513953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr6:36513998 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr6:36514079 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A4,B105,B134,B33,B84,C14,D7 |
Chr6:36514100 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr6:36514136 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr6:36514215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr6:36514234 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B64,B66,B98 |
Chr6:36514276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B6 |
Chr6:36514285 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C59 |
Chr6:36514443 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769283.1PF03018
Dirigent 52-194 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769283.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 52 | 194 | 1.2e-42 | 145.9 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。