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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002549

染色体: Chr06 坐标: 36595597-36596593 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002549
名称SmilChr06G002549
描述dirigent protein 11-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向36595597 - 36596593 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989344
GeneID130989344
locus_tag-
NCBI NameLOC130989344
原始查询SmilChr06G002549

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 11-like
产物dirigent protein 11-like
ArabidopsisAT1G22900 (AT1G22900)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838897]
identity=39.7; qcov=0.712; evalue=3.07e-29; confidence=medium
RiceOs12g0174700
-
identity=41.3; qcov=0.698; evalue=3.34e-30; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989344

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057769285.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769285.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769285.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769285.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769285.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:36595864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr6:36595871 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 19 A2,B102,B103,B109,B119,B17,B29,B36,B4,B73,B74,B81,C20,C28,C35,C39,C42,C56,C75
Chr6:36595955 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C71
Chr6:36595955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr6:36595956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,B66,B98
Chr6:36596038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B57,B90,B92,C65
Chr6:36596054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:36596056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,C73,C86
Chr6:36596078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:36596129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,B93
Chr6:36596130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:36596160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B18,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769285.1
205 aa
N
1
102
205
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 53-192 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769285.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 53 192 1.3e-35 123.0 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913302.1
TTCTTCTAAAAATATGCCAGAACAAATATTTAATATATATTCAATACCTTTATATAAACCCCTATCCACATGAAAATCCAATCACACCAATACATTCCCATCTCTATCAAGTTAAATTAGCTAGCAACAAAGAAATTAAAATGGCAAAGCTAGGCTCCATTGGTGTGATCCTAACAATCTCATGCTTGCTAGCATCGACACTATACGTCAATGCTAGAAAGCAAGGCCTCGATATTGCGGAGGATTTCCTAGATTTCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989344
ATGGCAAAGCTAGGCTCCATTGGTGTGATCCTAACAATCTCATGCTTGCTAGCATCGACACTATACGTCAATGCTAGAAAGCAAGGCCTCGATATTGCGGAGGATTTCCTAGATTTCCCCCGCAAAGACTTCTACCTCGAAAAAGAAAAGGTTGTGAAGTTCCGCGTCTTTGTTCAGGATCTCAGTGTAAATCACCCCAACACCACCACGTACGACGTGGCGCAGGCCTCCATCACCGCAACCTCCCCGACCGGCTTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769285.1
MAKLGSIGVILTISCLLASTLYVNARKQGLDIAEDFLDFPRKDFYLEKEKVVKFRVFVQDLSVNHPNTTTYDVAQASITATSPTGFGKVRVIDDLVTAQPNGNSRALGRLQGLLTRSDLTTLAISVNLNLYFSAGPYAGSIISLLGRNQIALAERELVVAGGTGVFRFARGYAIQKTNSTRTNVSVLEYNIYTTYNAKLNEVDEM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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