当前解析结果
SmilChr06G002549| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002549 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002549 |
| 描述 | dirigent protein 11-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 36595597 - 36596593 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989344 |
|---|---|
| GeneID | 130989344 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989344 |
| 原始查询 | SmilChr06G002549 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 11-like |
| 产物 | dirigent protein 11-like |
| Arabidopsis | AT1G22900 (AT1G22900)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838897] identity=39.7; qcov=0.712; evalue=3.07e-29; confidence=medium |
| Rice | Os12g0174700- identity=41.3; qcov=0.698; evalue=3.34e-30; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989344 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057769285.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769285.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769285.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769285.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769285.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:36595864 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr6:36595871 |
A |
AGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 19 | A2,B102,B103,B109,B119,B17,B29,B36,B4,B73,B74,B81,C20,C28,C35,C39,C42,C56,C75 |
Chr6:36595955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C71 |
Chr6:36595955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr6:36595956 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B64,B66,B98 |
Chr6:36596038 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B57,B90,B92,C65 |
Chr6:36596054 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:36596056 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B32,C73,C86 |
Chr6:36596078 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:36596129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B55,B93 |
Chr6:36596130 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr6:36596160 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,B18,C71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769285.1PF03018
Dirigent 53-192 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769285.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 53 | 192 | 1.3e-35 | 123.0 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。