Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002564`

染色体: Chr06 坐标: 36830277-36834030 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002564`
名称	SmilChr06G002564
描述	dihydrodipicolinate reductase-like protein CRR1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	36830277 - 36834030 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989360`
GeneID	`130989360`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989360`
原始查询	`SmilChr06G002564`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dihydrodipicolinate reductase-like protein CRR1, chloroplastic
产物	dihydrodipicolinate reductase-like protein CRR1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G52100` (CRR1) Dihydrodipicolinate reductase, bacterial/plant [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835286] identity=76.4; qcov=0.997; evalue=4.4e-168; confidence=high
Rice	`Os03g0118600` - identity=70.5; qcov=0.944; evalue=3.56e-151; confidence=high
GO	GO:0008839 (4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase activity); GO:0009089 (GO:0009089); GO:0009570 (chloroplast stroma)
KEGG	-
Pfam	PF01113 (DapB_N); PF05173 (DapB_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057769302.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057769302.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769302.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769302.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769302.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:36832063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr6:36833295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769302.1

302 aa

151

302

DapB_N

DapB_C

PF01113 DapB_N 38-165 aa PF05173 DapB_C 172-302 aa

XP_057769303.1

302 aa

151

302

DapB_N

DapB_C

PF01113 DapB_N 38-165 aa PF05173 DapB_C 172-302 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769302.1`	Pfam	`PF01113`	DapB_N	Domain	38	165	3.5e-14	53.7	Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus
`XP_057769302.1`	Pfam	`PF05173`	DapB_C	Domain	172	302	4.2e-16	59.8	Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus
`XP_057769303.1`	Pfam	`PF01113`	DapB_N	Domain	38	165	3.5e-14	53.7	Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus
`XP_057769303.1`	Pfam	`PF05173`	DapB_C	Domain	172	302	4.2e-16	59.8	Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913319.1
TTTATTTGAAGATGCTCAAATGTTATTTCATCAAAGAACGACGTTATTTCATAATATGAAAATGACACCGTCACAAAGAGCCCTCGCCACCACCGGCGAAAGGCGCCGCCCTCAGCCACCACGGCCCCCTCTAGACTATCTCTGTCTTCTCACACTATACAGACTAAGCCCTACACCCAAATCGCCGCCTCTACGCCATCGTCACGAGCAGCAGCGGCTGCCCCGACCGACTCCTCCTCTTTCCCTGTTCAAAACCTAGA...

XM_057913320.1
TTTATTTGAAGATGCTCAAATGTTATTTCATCAAAGAACGACGTTATTTCATAATATGAAAATGACACCGTCACAAAGAGCCCTCGCCACCACCGGCGAAAGGCGCCGCCCTCAGCCACCACGGCCCCCTCTAGACTATCTCTGTCTTCTCACACTATACAGACTAAGCCCTACACCCAAATCGCCGCCTCTACGCCATCGTCACGAGCAGCAGCGGCTGCCCCGACCGACTCCTCCTCTTTCCCTGTTCAAAACCTAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130989360
ATGGCGGCAGCATCAAGCTGCAAATTCTATCCCACAAACTATAAATCTCTTCAACCTGCAAAAAGAGTTGCTCCCTACATTTCTTGCACTGCTCAGCCTTCTCAGACCAACATTAAGGTGATCATAAATGGAGCAGCAAAGGAAATTGGTAGGGCAGCTGTGGTTGCCGTGACAAAGGCAAGAGGGATGGAGCTTGCTGGTGCTATTGATTCTCACCTTGTTGGAGAAGACATAGGAAAGGTTTGTGACATGGGAGAGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057769302.1
MAAASSCKFYPTNYKSLQPAKRVAPYISCTAQPSQTNIKVIINGAAKEIGRAAVVAVTKARGMELAGAIDSHLVGEDIGKVCDMGEPLEIPILNDITMVLGSISQLKATAVVVDFTDASTVYDNVKQATAFGMKSVVYVPRIKMETVSALSAFCEKATMGCIVAPTLSIGSILLQQAAISASFHYNNVEIVESKATVGDLPSQEVKQIANNLTNLGQMYNREDVSTDILARGQVLGEDGVRVHSLVLPGLPSSTTVHFSR...

XP_057769303.1
MAAASSCKFYPTNYKSLQPAKRVAPYISCTAQPSQTNIKVIINGAAKEIGRAAVVAVTKARGMELAGAIDSHLVGEDIGKVCDMGEPLEIPILNDITMVLGSISQLKATAVVVDFTDASTVYDNVKQATAFGMKSVVYVPRIKMETVSALSAFCEKATMGCIVAPTLSIGSILLQQAAISASFHYNNVEIVESKATVGDLPSQEVKQIANNLTNLGQMYNREDVSTDILARGQVLGEDGVRVHSLVLPGLPSSTTVHFSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器