Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002566`

染色体: Chr06 坐标: 36855586-36866104 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002566`
名称	SmilChr06G002566
描述	protein COFACTOR ASSEMBLY OF COMPLEX C SUBUNIT B CCB2, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	36855586 - 36866104 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990849`
GeneID	`130990849`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990849`
原始查询	`SmilChr06G002566`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein COFACTOR ASSEMBLY OF COMPLEX C SUBUNIT B CCB2, chloroplastic-like
产物	protein COFACTOR ASSEMBLY OF COMPLEX C SUBUNIT B CCB2%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G52110` (HCF208) chaperone (DUF2930) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835287] identity=44.9; qcov=0.954; evalue=2.66e-55; confidence=medium
Rice	`Os10g0522500` - identity=63.4; qcov=0.471; evalue=9.71e-44; confidence=medium
GO	GO:0010190 (cytochrome b6f complex assembly)
KEGG	-
Pfam	PF11152 (CCB2_CCB4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057771063.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057771063.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057771063.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057771063.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771063.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:36855611`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	78	A11,A14,A18,A21,A22,A24,A4,A6,A9,B10,B102,B107,B108,B109,B111,B117,B12,B120,B121,B128,B129,B132,B136,B139,B15,B2,B20,B21,B22,B28,B3,B32,B35,B39,B44,B46,B5,B51,B52,B53,B61,B62,B64,B66,B79,B8,B82,B85,B94,B96,B98,C11,C16,C18,C19,C25,C3,C33,C37,C4,C42,C43,C45,C47,C50,C51,C52,C58,C72,C73,C74,C77,C81,C86,C87,D11,D4,D5
`Chr6:36855631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	38	A13,A22,A7,A8,A9,B10,B103,B108,B109,B111,B112,B115,B117,B122,B123,B129,B132,B137,B18,B21,B5,B54,B59,B6,B85,B88,B90,B92,B97,C1,C34,C36,C41,C50,C51,C67,C79,C9
`Chr6:36855636`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B131,B83,C59
`Chr6:36855636`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B131,B83,C59
`Chr6:36858211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B115,B57,B74
`Chr6:36858249`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C34
`Chr6:36858249`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C34
`Chr6:36860391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr6:36865947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771063.1

238 aa

119

238

CCB2_CCB4

PF11152 CCB2_CCB4 34-138 aa PF11152 CCB2_CCB4 148-230 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771063.1`	Pfam	`PF11152`	CCB2_CCB4	Family	34	138	3.4e-41	141.4	Cofactor assembly of complex C subunit B, CCB2/CCB4
`XP_057771063.1`	Pfam	`PF11152`	CCB2_CCB4	Family	148	230	3.4e-41	141.4	Cofactor assembly of complex C subunit B, CCB2/CCB4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915080.1
ATGACTGAAATTCTTTACCTTAGCTTGGCTGCGAGAGCTTGGCTGCGAGAGAGGTGGTTGATGAATGTGAGAGGGATACCTGGATTGGACGAATCTTACTTGCCCAGATACATAGGATATGGATTTGGGGCGCTCTTAGTGTTAAATCATTTTCTGGGCTCCGATTCTTCATCCATCACTCCAGCTCAGCTCAGGACGGAGGCATTAGGACTTTCTCTTGCATCGTTTTCTGCAGTTGTGCCGTATCTTGGAAAATTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990849
ATGACTGAAATTCTTTACCTTAGCTTGGCTGCGAGAGCTTGGCTGCGAGAGAGGTGGTTGATGAATGTGAGAGGGATACCTGGATTGGACGAATCTTACTTGCCCAGATACATAGGATATGGATTTGGGGCGCTCTTAGTGTTAAATCATTTTCTGGGCTCCGATTCTTCATCCATCACTCCAGCTCAGCTCAGGACGGAGGCATTAGGACTTTCTCTTGCATCGTTTTCTGCAGTTGTGCCGTATCTTGGAAAATTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771063.1
MTEILYLSLAARAWLRERWLMNVRGIPGLDESYLPRYIGYGFGALLVLNHFLGSDSSSITPAQLRTEALGLSLASFSAVVPYLGKFLKGATPTTQKNIPEGVEQIFVMSLDIAADLKKDLAWGTYVLLRNTNSISVKVNASFILTESSLQMVKHFSLVALVKCVNNSDSELKEMVPVGTRSLLVQPIREACELSSSQTGMRKGFILLASGIDYAFTDKDKAWIASIANKFSENVECVP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器