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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002586

染色体: Chr06 坐标: 37065944-37071211 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002586
名称SmilChr06G002586
描述uncharacterized SmilChr06G002586
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向37065944 - 37071211 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989420
GeneID130989420
locus_tag-
NCBI NameLOC130989420
原始查询SmilChr06G002586

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0171800; species=rice; confidence=high
产物hit=Os01g0171800; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G62960 (AT5G62960)
UDP-N-acetylglucosamine-N-acetylmuramyl-pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836416]
identity=45; qcov=0.985; evalue=2.19e-100; confidence=medium
RiceOs01g0171800
-
identity=46.3; qcov=1; evalue=3.92e-102; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769404.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057769404.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057769404.1
4 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057769404.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769405.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:37067882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,C70
Chr6:37067916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr6:37069324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr6:37069887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr6:37069917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C74
Chr6:37069937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C73,C86
Chr6:37070017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A14,A20,A3,B103
Chr6:37070094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913422.1
AAGCCACGACGTGTTCAAATTCGATTTTCCAATTACGATTTTTTATTACTACAAAAAGGGCTGAACTCAAATTTAACTACTCTTCTTCCATTCTTATCTCTCTCGATTCCTTCTCAAATTCCCATTTCCCATTGCAAAATCCGATTTTTTGTATTTTTTTTTTCATCTGATCCTATTTGATCTGTTCCTAAATTGAGTTTGTGTTCGTTGTCGTGATTCATTGCTTCAATGCAGATGAAGCTGCTTGTGAATGATGATCC...
XM_057913421.1
TTTTGCAGTTAAAGATGTTAATCACAGATGTTGAAAGGCTGTTGTTGAATATGATGAAGCTGCTTGTGAATGATGATCCTACTACCTTGAGTTATTGGTTGGATTGGAGAGTGTTTCTATGTGCAGTATGGGTATTGACACCTATGGTTGTTGCAGCATTTCTAATATGGAAGTATGAACGTTCAGGAAATTCCAAATCCGATGTAGGAGGGTACCAGCAAGAGAGCTCGCATTTGCACTCTGAAAAATCATGGAAACCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989420
ATGCAGATGAAGCTGCTTGTGAATGATGATCCTACTACCTTGAGTTATTGGTTGGATTGGAGAGTGTTTCTATGTGCAGTATGGGTATTGACACCTATGGTTGTTGCAGCATTTCTAATATGGAAGTATGAACGTTCAGGAAATTCCAAATCCGATGTAGGAGGGTACCAGCAAGAGAGCTCGCATTTGCACTCTGAAAAATCATGGAAACCTTGTCTAAAAGAAATTCATCCTATTTTCCTGATGTGCTTTCGGATAAT...
LOC130989420
ATGTTAATCACAGATGTTGAAAGGCTGTTGTTGAATATGATGAAGCTGCTTGTGAATGATGATCCTACTACCTTGAGTTATTGGTTGGATTGGAGAGTGTTTCTATGTGCAGTATGGGTATTGACACCTATGGTTGTTGCAGCATTTCTAATATGGAAGTATGAACGTTCAGGAAATTCCAAATCCGATGTAGGAGGGTACCAGCAAGAGAGCTCGCATTTGCACTCTGAAAAATCATGGAAACCTTGTCTAAAAGAAAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769404.1
MLITDVERLLLNMMKLLVNDDPTTLSYWLDWRVFLCAVWVLTPMVVAAFLIWKYERSGNSKSDVGGYQQESSHLHSEKSWKPCLKEIHPIFLMCFRIIAFGLLLAVVSFDLALHGAELFYYYTQWTFTLVTIYFGLGSLLSIRGCFYNLKIDSNSKCYLTEDTEQGLHLPLAHGMNGNGVRFQERLDDRGTFHALITSGVWDDLYQVLFQMTAGAVTLTDIVYWCVIFPFMALKDYEMSFLTVATHSVNAILLLGDTAMC...
XP_057769405.1
MQMKLLVNDDPTTLSYWLDWRVFLCAVWVLTPMVVAAFLIWKYERSGNSKSDVGGYQQESSHLHSEKSWKPCLKEIHPIFLMCFRIIAFGLLLAVVSFDLALHGAELFYYYTQWTFTLVTIYFGLGSLLSIRGCFYNLKIDSNSKCYLTEDTEQGLHLPLAHGMNGNGVRFQERLDDRGTFHALITSGVWDDLYQVLFQMTAGAVTLTDIVYWCVIFPFMALKDYEMSFLTVATHSVNAILLLGDTAMCSLEFPWFRISY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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