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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002588

染色体: Chr06 坐标: 37082597-37086628 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002588
名称SmilChr06G002588
描述uncharacterized SmilChr06G002588
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向37082597 - 37086628 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990859
GeneID130990859
locus_tag-
NCBI NameLOC130990859
原始查询SmilChr06G002588

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=32.9; qcov=0.794; evalue=6.12e-30; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990859

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771071.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057771071.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771071.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771071.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771071.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:37082605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr6:37082679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B13,B15,C1,C87
Chr6:37082944 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 43 A11,A13,A18,A22,A7,A8,A9,B10,B104,B108,B109,B111,B112,B115,B117,B121,B122,B129,B132,B137,B18,B20,B21,B31,B5,B54,B59,B6,B77,B85,B88,B9,B90,B92,B93,C1,C34,C50,C51,C58,C67,C84,C9
Chr6:37083015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr6:37083043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:37083102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:37083167 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B36
Chr6:37083167 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B36
Chr6:37083185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr6:37083357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr6:37086454 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B104
Chr6:37086454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915088.1
ATGAGGAGAAAAGATTTGACAAGTGAGGAGAGAGCTAGACTCATTCAATTCTTGATCATTGACAGCAAGAATGGCAAGCCACCACGAGGCAAAATGAAGGCTGCCGAGCTCAAGTTTGGTGTCTCTCGGCGAACCGTTTGTCGTCTTTGGGCTGAGGGAAAGCAAAAACAGCAACAAGCTAAGGAAAAGCGGGGCGTTACAATAGATCAGGGGCTGATCAAGGCTCATACAAATGCTATAAAACCTGAACTTACAGCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990859
ATGAGGAGAAAAGATTTGACAAGTGAGGAGAGAGCTAGACTCATTCAATTCTTGATCATTGACAGCAAGAATGGCAAGCCACCACGAGGCAAAATGAAGGCTGCCGAGCTCAAGTTTGGTGTCTCTCGGCGAACCGTTTGTCGTCTTTGGGCTGAGGGAAAGCAAAAACAGCAACAAGCTAAGGAAAAGCGGGGCGTTACAATAGATCAGGGGCTGATCAAGGCTCATACAAATGCTATAAAACCTGAACTTACAGCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771071.1
MRRKDLTSEERARLIQFLIIDSKNGKPPRGKMKAAELKFGVSRRTVCRLWAEGKQKQQQAKEKRGVTIDQGLIKAHTNAIKPELTAPNKLSRMRFCLEHIEYDRLLEKLQFKCMRNTIHIDEKWFYITKSSHKFYLTPAEAEPHRTCKSKKFITKVMFLCSVCRPIFGEDGRVLFDGKIGIFPLTEMVPAQRSSKNREAGTLEQKPIQSITKQVLKDCFIKQLVPTIKAKWPSFASKTIFIQQDNARPHIKNDDIEFRRC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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