Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002594`

染色体: Chr06 坐标: 37156196-37160878 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002594`
名称	SmilChr06G002594
描述	polygalacturonase At1g48100-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	37156196 - 37160878 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989399`
GeneID	`130989399`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989399`
原始查询	`SmilChr06G002594`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polygalacturonase At1g48100-like
产物	polygalacturonase At1g48100-like
Arabidopsis	`AT1G60590` (AT1G60590) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842353] identity=59.9; qcov=0.867; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0636500` (OsPGL19) - identity=60.9; qcov=0.835; evalue=1.13e-164; confidence=high
GO	GO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00295 (Glyco_hydro_28); PF12708 (Pect-lyase_RHGA_epim)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989399

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057769363.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057769363.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769363.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769363.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769363.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:37156431`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:37156458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr6:37156485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B64,B66
`Chr6:37156862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B83,C59
`Chr6:37157602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B83,C59
`Chr6:37159249`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr6:37159255`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B18,C71
`Chr6:37159289`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B41
`Chr6:37159289`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B41
`Chr6:37159332`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr6:37159346`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,C51,C74
`Chr6:37159622`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769363.1

472 aa

236

472

Pect-lyase_RHGA_epim

Glyco_hydro_28

PF12708 Pect-lyase_RHGA_epim 70-109 aa PF00295 Glyco_hydro_28 102-425 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769363.1`	Pfam	`PF12708`	Pect-lyase_RHGA_epim	Repeat	70	109	2.2e-12	47.9	Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like
`XP_057769363.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	102	425	2.6e-79	267.4	Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913380.1
TATTTCACTTCCTCTTACAAACATAAAGACAACATTAATTTTGAGAATGAAGAATCTTACTTTTCTAGTTCTCATCTTGCTTTTGTCGGAAAACTCGATCAACGCTAATGCCAAAAACCACAAGCATCGAAAGCAAGGAAAAGCCGGTCCGCCAACTGCCTCGAAAGGCAGGCCGCTCGTCTATAAAAACGACGACAACGGCGGAGATGTGTTGGATGCTAACGCCACTCCTAGCGTTACCATATCCAACACCTTTAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989399
ATGAAGAATCTTACTTTTCTAGTTCTCATCTTGCTTTTGTCGGAAAACTCGATCAACGCTAATGCCAAAAACCACAAGCATCGAAAGCAAGGAAAAGCCGGTCCGCCAACTGCCTCGAAAGGCAGGCCGCTCGTCTATAAAAACGACGACAACGGCGGAGATGTGTTGGATGCTAACGCCACTCCTAGCGTTACCATATCCAACACCTTTAGTGTTCGTAGCTACGGCGCGAAAGGCGACGGCGTTGCCGACGATACAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769363.1
MKNLTFLVLILLLSENSINANAKNHKHRKQGKAGPPTASKGRPLVYKNDDNGGDVLDANATPSVTISNTFSVRSYGAKGDGVADDTSAFEKAWADACKVQGSTVLIPSGFVFLVKPMAFSGPNCQSNIVFQLDGKIIAPTNFGAWGKGLLQWLDFSKLKGIAIKGQGVIDGRGSVWWNDKTTTYQTDQEDASDLQGEGEDKAGMPSTKPTALRFYGSTDVTVTGITIQNSPQTHLKFDDCVGVQVSGISISSPANSPNTD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器