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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002600

染色体: Chr06 坐标: 37367679-37369184 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002600
名称SmilChr06G002600
描述putative F-box/LRR-repeat protein 23
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向37367679 - 37369184 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990861
GeneID130990861
locus_tag-
NCBI NameLOC130990861
原始查询SmilChr06G002600

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative F-box/LRR-repeat protein 23
产物putative F-box/LRR-repeat protein 23
ArabidopsisAT4G05460 (AT4G05460)
RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825896]
identity=41.3; qcov=1.01; evalue=3.91e-59; confidence=medium
RiceOs02g0317300 (OsFbox086)
-
identity=33.9; qcov=0.827; evalue=2.11e-37; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771072.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057771072.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771072.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771072.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771072.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:37367700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B38,B39,C2
Chr6:37367715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C6
Chr6:37367736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr6:37367763 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B59
Chr6:37367763 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 1 B59
Chr6:37367815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B56,B63,C77
Chr6:37367861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr6:37367870 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A7,B124,B130,B135,B23,B38,B44,B5,B60,B66,B73,B85,B9,C3,C32,C47,C68,C77
Chr6:37367916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:37367925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,C2,C29,C7
Chr6:37368010 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 73 A1,A11,A15,A3,A4,A7,A9,B109,B112,B114,B119,B120,B121,B129,B132,B135,B136,B139,B2,B23,B24,B29,B3,B31,B33,B35,B40,B42,B43,B44,B56,B59,B60,B61,B63,B65,B66,B67,B70,B73,B76,B79,B81,B82,B85,B86,B9,B93,C11,C15,C19,C24,C25,C27,C3,C31,C32,C41,C45,C47,C48,C55,C6,C60,C61,C68,C69,C7,C77,C82,C86,D4,D5
Chr6:37368013 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 71 A1,A11,A15,A3,A4,A7,A9,B109,B112,B114,B119,B120,B121,B129,B132,B135,B136,B139,B2,B23,B24,B29,B3,B31,B33,B35,B40,B42,B43,B44,B56,B60,B61,B63,B65,B66,B67,B70,B73,B76,B79,B81,B82,B85,B86,B93,C11,C15,C19,C24,C25,C27,C3,C31,C32,C41,C45,C47,C48,C55,C6,C60,C61,C68,C69,C7,C77,C82,C86,D4,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915089.1
ATGGCGCCGGCACCATCAAGGTCATCCTCGGCCTCTCCCCCGTCGACGTGGATCGAACTTCCCAGAAATGTCACGAACAACATTCTGATGAGGTTGGGCGCGGAGGGGATGCTAAGCGCGCAACAAGTGTGTTGTACCTGGTGGAATGTTTGCAAGGATCCCATCATGTGGCAAGTGATCGACTTGTCCAACCCCCCTTCTAGGAAGATGAACGAGGGCTACGCTGCCATGTGCCAACGCGCAGTGGATCGGAGTCAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990861
ATGGCGCCGGCACCATCAAGGTCATCCTCGGCCTCTCCCCCGTCGACGTGGATCGAACTTCCCAGAAATGTCACGAACAACATTCTGATGAGGTTGGGCGCGGAGGGGATGCTAAGCGCGCAACAAGTGTGTTGTACCTGGTGGAATGTTTGCAAGGATCCCATCATGTGGCAAGTGATCGACTTGTCCAACCCCCCTTCTAGGAAGATGAACGAGGGCTACGCTGCCATGTGCCAACGCGCAGTGGATCGGAGTCAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771072.1
MAPAPSRSSSASPPSTWIELPRNVTNNILMRLGAEGMLSAQQVCCTWWNVCKDPIMWQVIDLSNPPSRKMNEGYAAMCQRAVDRSQGQLVELTIDSFGHNELINYIVNRSAANLKRLKLVSCIDISPPALTEAVAKLGQLEELHLIMMPSISSHDIVAIGNSCTKLRSFSLNSSKCGLYEDPFRCAEAIATCMPNLHHLQLIANEMRNEVLEAILDGCPCLESLDIRQCWHLHLGGDLGKRCREQIQDLRLPNDSVSDLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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