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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002610

染色体: Chr06 坐标: 37539536-37540015 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002610
名称SmilChr06G002610
描述uncharacterized SmilChr06G002610
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向37539536 - 37540015 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990865
GeneID130990865
locus_tag-
NCBI NameLOC130990865
原始查询SmilChr06G002610

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990865

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771077.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057771077.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771077.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771077.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771077.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:37539543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,C18
Chr6:37539559 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 4 B139,B62,C18,D10
Chr6:37539559 T TG 1bp_insertion CDS_variant 4 B139,B62,C18,D10
Chr6:37539570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B48,C12
Chr6:37539590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B128,C22
Chr6:37539599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr6:37539601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr6:37539606 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 45 A14,A16,A18,A19,A23,A9,B110,B119,B124,B125,B131,B135,B16,B20,B36,B38,B39,B40,B51,B57,B6,B75,B8,B87,C16,C20,C22,C24,C28,C32,C33,C35,C46,C47,C52,C54,C56,C65,C67,C68,C71,C74,C76,C86,D4
Chr6:37539637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C25
Chr6:37539651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,C48,C63,C81
Chr6:37539653 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 28 A10,A11,A20,B112,B129,B132,B133,B136,B139,B2,B24,B33,B37,B40,B45,B48,B5,B80,B91,B93,C12,C34,C42,C46,C50,C52,C53,C82
Chr6:37539671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B20,B43,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915094.1
ATGTCTCCTTTCAGGCTGCTCTATGGAAAAAGATGTCATCTACCTGTGGAGATTGAACATAAGGCGTACTGGGCAATTAAGCAAATTAACCTCAGTATGAGCCTAGCTGGAGAAACGCGAAAGCTGCAGTTGAGTGAGTTGGAAGAGCTTCGGTTGGAGGCTTACGACAATGCTGTGCTCTATAAGGAGCGAACCAAGAGAATCCATGATGCCAAGATCAGGAATAAGGAATTCCGGGTGGGACAAAAAGTCTTACTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990865
ATGTCTCCTTTCAGGCTGCTCTATGGAAAAAGATGTCATCTACCTGTGGAGATTGAACATAAGGCGTACTGGGCAATTAAGCAAATTAACCTCAGTATGAGCCTAGCTGGAGAAACGCGAAAGCTGCAGTTGAGTGAGTTGGAAGAGCTTCGGTTGGAGGCTTACGACAATGCTGTGCTCTATAAGGAGCGAACCAAGAGAATCCATGATGCCAAGATCAGGAATAAGGAATTCCGGGTGGGACAAAAAGTCTTACTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771077.1
MSPFRLLYGKRCHLPVEIEHKAYWAIKQINLSMSLAGETRKLQLSELEELRLEAYDNAVLYKERTKRIHDAKIRNKEFRVGQKVLLFNSRFKLMAGKLRSKWSGPFVIREIFSNGRVEVYDHNGIDTFVVNGHRLEPYHELVEVEKEKEECHLLDLVYE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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