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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002618

染色体: Chr06 坐标: 37649103-37649960 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002618
名称SmilChr06G002618
描述uncharacterized SmilChr06G002618
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向37649103 - 37649960 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990870
GeneID130990870
locus_tag-
NCBI NameLOC130990870
原始查询SmilChr06G002618

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=30.2; qcov=0.93; evalue=5.46e-29; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990870

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771082.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057771082.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057771082.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057771082.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771082.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:37649103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B13,B32,B36,C40
Chr6:37649114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B105,C34,C87,D5
Chr6:37649115 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 11 B110,B19,B30,B4,B47,B48,B54,B67,B71,C32,D1
Chr6:37649121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B80,C4,D11
Chr6:37649124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,D5
Chr6:37649139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,D10
Chr6:37649146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,C54,C65,C84
Chr6:37649162 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B1,B10,B83,C77,D5
Chr6:37649162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B10,B83,C77,D5
Chr6:37649172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr6:37649187 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 19 A1,A10,A11,A13,A6,B113,B136,B22,B3,B45,B56,B97,C13,C3,C44,C63,C64,C66,D7
Chr6:37649190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915099.1
ATGAGGGCCCCAGCTGACCAGAGGGACAGATCCAAATGGTGTGAGTTCCATGCAGATCATGGGCATCGGACAGAAGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAATCAAGGCCACCTCACCGATTACCTGACCGAAAAGGGCAAGCTTACCCTACAACAAGGAAGGGATAAGCAAGAGAAACACAGAGACGACAGCCCGCCAGACCCACCACACCATGAGAGAACTGTGAACGTGATATCCGGAGGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990870
ATGAGGGCCCCAGCTGACCAGAGGGACAGATCCAAATGGTGTGAGTTCCATGCAGATCATGGGCATCGGACAGAAGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAATCAAGGCCACCTCACCGATTACCTGACCGAAAAGGGCAAGCTTACCCTACAACAAGGAAGGGATAAGCAAGAGAAACACAGAGACGACAGCCCGCCAGACCCACCACACCATGAGAGAACTGTGAACGTGATATCCGGAGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771082.1
MRAPADQRDRSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLEVAHLLNQGHLTDYLTEKGKLTLQQGRDKQEKHRDDSPPDPPHHERTVNVISGGSEVSGITHSAAKRHARQARSSKTGALPSGKAGPTDPTLTISFATSESDKLLHPHHDALVISIYIANCLTKRVLIDNGSSANILFFSAYREMGLDESKLIKKAAVLVGFSGESTTTVGDIDLPVYAEGVNLSTRFLVVDAPSAYNVILGRPWIHEMEAVPSTYHQVIRFPTKWGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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