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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002621

染色体: Chr06 坐标: 37724743-37726185 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002621
名称SmilChr06G002621
描述uncharacterized SmilChr06G002621
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向37724743 - 37726185 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989419
GeneID130989419
locus_tag-
NCBI NameLOC130989419
原始查询SmilChr06G002621

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述NHL domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814669]; symbol=AT2G01410; hit=AT2G01410; species=arabidopsis; confidence=high
产物NHL domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814669]; symbol=AT2G01410; hit=AT2G01410; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G01410 (AT2G01410)
NHL domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814669]
identity=51.7; qcov=1.04; evalue=1.16e-118; confidence=high
RiceOs01g0606133
-
identity=36; qcov=0.945; evalue=1.97e-35; confidence=medium
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989419

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057769403.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057769403.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769403.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769403.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769403.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:37725087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr6:37725143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C52
Chr6:37725226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,C2,C32,C59
Chr6:37725460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr6:37725488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B63,B83
Chr6:37725608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:37725614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B97,C72,C79
Chr6:37725842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913420.1
GAAAAGAAAATAGCAAAATATTATTAAAAGAAAATATCTTATCCGTGAATTATTTATTTTCTTTTTGGAATCTTGATTTAAAAATTCCTGAGTTAATCGGAACGTCAACACAACATCCGAATTCAAGCATTAGATTTAGATCCAAACCCTAACCGCAGAATCCATAATTCCTAAACATGTTGAAACAATTGGTAGTAATCCATCTCCTACTATTTTTCGCCGCTCCAATCCGCTGCGGCAAGCCCCACGCCATCAATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989419
ATGTTGAAACAATTGGTAGTAATCCATCTCCTACTATTTTTCGCCGCTCCAATCCGCTGCGGCAAGCCCCACGCCATCAATTTCCGATGGCCGAATCTCTATCCGCAGTCCTTCGCCTGGGACCCCAAATCCGATCACTTCGTCGTCGGCTCCCTCCGCCACCGCCAGATCATCTCCGTCTCCGACGCCGGCGTCGTCTCCTCACTCCTCTCCGACGCCTCGCTCCCCGCGGACTCCTCCTTCGTCGGAATCTCGCTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769403.1
MLKQLVVIHLLLFFAAPIRCGKPHAINFRWPNLYPQSFAWDPKSDHFVVGSLRHRQIISVSDAGVVSSLLSDASLPADSSFVGISLDPRHRRLLAVVRRLSPPFSALACYDLRTFRQLFLTPLDNLLPSAVAASDVAVDYSGDAYVTDSANDAIFKVSEQGEASILSRSKHFKSEAAAGGLNGVVYDTKGYLLVTQSSTGKLFKVFTDDGSARRVILNKELTAAEGIAVRRDGVVLVASKRKVYFVKSDDSWSQGAVFDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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