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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002626

染色体: Chr06 坐标: 37817843-37825606 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002626
名称SmilChr06G002626
描述uncharacterized SmilChr06G002626
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向37817843 - 37825606 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989406
GeneID130989406
locus_tag-
NCBI NameLOC130989406
原始查询SmilChr06G002626

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-galactosidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822417]; symbol=AT3G27930; hit=AT3G27930; species=arabidopsis; confidence=high
产物beta-galactosidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822417]; symbol=AT3G27930; hit=AT3G27930; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G27930 (AT3G27930)
beta-galactosidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822417]
identity=66.2; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0577800
-
identity=58.4; qcov=0.96; evalue=4.31e-180; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057769372.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057769372.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057769372.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057769372.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057769372.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:37819779 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B63
Chr6:37819779 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B63
Chr6:37823898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913389.1
TTCTTAATGTCCTAATATAAATACAAAACTCTTCCAAAAATCTCACCTCTACGTAAGAGATTTTGATATATTCCGTGTTTCTCTCCATCGAATGTGAACAAGAAAAAGATATCAGCCCAAACCCATATTTGAACCCGGCCCATGACCGATCGTTTCAGCCCATTTAGTGACTGCACCAATTGCACACACGGAACGAGAGAGAGAGAGGGGTCCACTCACAGACACGTGATGCGGATCTGCTCCTAATCTGCTGCCACGTG...
XM_057913390.1
TACGTAAGAGATTTTGATATATTCCGTGTTTCTCTCCATCGAATGTGAACAAGAAAAAGATATCAGCCCATTTAGTGACTGCACCAATTGCACACACGGAACGAGAGAGAGAGAGGGGTCCACTCACAGACACGTGATGCGGATCTGCTCCTAATCTGCTGCCACGTGTCCGAGGGTTGAAACAGTCGCGAAGAAAGTCGTAGCTCGCCGGAGATGGGGAATTTGTTCACGTTTCAGTCGCCGCCGCCTCCGCCGCCGAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130989406
ATGGGGAATTTGTTCACGTTTCAGTCGCCGCCGCCTCCGCCGCCGATGGTGCTGGTCCCGCCGCTCTTCGATTTCCCTCCCCTCGCCGCCCGTACGAGAATGCTGGAATCGTCTTACGACATGCTGTTTGGAAAGCTGGCCCTGAAATGCCTCTTCGAGGACTATTTCGAAGAAGCGAGGCACTTCAACACGAGAATTATGCTCAAGCCGATTGATGATCCGCATGTCGATTTGATTGCGGCTGTTGCTGGTCCACTCGA...
LOC130989406
ATGGGGAATTTGTTCACGTTTCAGTCGCCGCCGCCTCCGCCGCCGATGGTGCTGGTCCCGCCGCTCTTCGATTTCCCTCCCCTCGCCGCCCGTACGAGAATGCTGGAATCGTCTTACGACATGCTGTTTGGAAAGCTGGCCCTGAAATGCCTCTTCGAGGACTATTTCGAAGAAGCGAGGCACTTCAACACGAGAATTATGCTCAAGCCGATTGATGATCCGCATGTCGATTTGATTGCGGCTGTTGCTGGTCCACTCGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057769372.1
MGNLFTFQSPPPPPPMVLVPPLFDFPPLAARTRMLESSYDMLFGKLALKCLFEDYFEEARHFNTRIMLKPIDDPHVDLIAAVAGPLDYKPDEKIAANAQFRWQSDVLDPHTFVDLSVSNSDPTLMMRSCAYYPKFGFGAFGIFPLLLKQRNSSEDYGIMGLRYGSSNLSVGATFVPFPAATDELPKKAWLVSKMGRLTAGVQYEPTFGSTDGPRYKNLANWSCAMGYGLGSGSPLSPSFNFGLELAKNSQFIASFYQHVV...
XP_057769373.1
MGNLFTFQSPPPPPPMVLVPPLFDFPPLAARTRMLESSYDMLFGKLALKCLFEDYFEEARHFNTRIMLKPIDDPHVDLIAAVAGPLDYKPDEKIAANAQFRWQSDVLDPHTFVDLSVSNSDPTLMMRSCAYYPKFGFGAFGIFPLLLKQRNSSEDYGIMGLRYGSSNLSVGATFVPFPAATDELPKKAWLVSKMGRLTAGVQYEPTFGSTDGPRYKNLANWSCAMGYGLGSGSPLSPSFNFGLELAKNSQFIASFYQHVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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