当前解析结果
SmilChr06G002648| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002648 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002648 |
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP18, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 38264220 - 38266544 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989435 |
|---|---|
| GeneID | 130989435 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989435 |
| 原始查询 | SmilChr06G002648 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP18, chloroplastic-like |
| 产物 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP18%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT1G20810 (AT1G20810)FKBP-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838672] identity=73.9; qcov=0.855; evalue=1.7e-89; confidence=high |
| Rice | Os02g0117600 (OsFKBP18)- identity=74.2; qcov=0.809; evalue=5.57e-93; confidence=high |
| GO | GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0009543 (chloroplast thylakoid lumen) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00254 (FKBP_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989435 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057769423.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057769423.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.20000 | XP_057769423.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769423.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769423.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:38264416 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B34,C45,C52 |
Chr6:38264424 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C45,C52 |
Chr6:38265882 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B24 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769423.1PF00254
FKBP_C 94-212 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769423.1 |
Pfam | PF00254 |
FKBP_C | Domain | 94 | 212 | 1e-11 | 45.7 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。